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annotation.py:get_contained_labels (1335): pandas throws TypeError: Passing a set as an indexer is not supported. Use a list instead.

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Lenguaje dominante
Jupyter Notebook
Estrellas
853
Forks
322
Métricas de merge de PR
Sin PR fusionados en 30 d

Descripción

Using python version of libwfdb 4.1.2 which is according to pypi the latest.

Since lately when accessing the annotations i do get the error

TypeError: Passing a set as an indexer is not supported. Use a list instead.

This is caused by passing the following indexing tuple in line

index_vals = {1, 5}
# annotation.py(1355)get_contained_labels
contained_labels = label_map.loc[index_vals, :]

for now i do fix this by replacing the above line by

contained_labels = label_map.loc[list(index_vals), :]

and any further occurence.

The reason is that pandas has droped support for settype index arround version 2.1.3 which i do have currently installed.

Guía de contribución

No hay ninguna guía de contribución indexada para este repositorio

Primeros pasos

  1. Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
  2. Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
  3. Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
  4. Abre un pull request que haga referencia al número del issue.

Línea de trabajo

Empieza en annotation.py, en get_contained_labels, especialmente en la indexación alrededor de las líneas 1335-1355, e inspecciona otras apariciones de indexación de label_map basada en conjuntos. Verifica la ruta de acceso a las anotaciones afectada con pandas 2.1.3 o posterior; se considera terminado cuando ya no genere el TypeError del indexador de conjuntos.

Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.

Evaluación

Stack tecnológico
pandas, python
Área
data
Tipo de issue
Error
Dificultad
2/5
Tiempo estimado
1-3 horas
Estado de actividad
Estancado
Claridad
Bien especificado
Aptitud para principiantes
45/100

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