mimic3wdb-matched RECORDS file hast too many entries
Chưa có ai nhận issue này.
- Ngôn ngữ chính
- Jupyter Notebook
- Star
- 853
- Fork
- 322
- Chỉ số merge pull request
- Không có pull request nào được merge trong 30 ngày
Mô tả
We are trying to download the mimic3wdb-matched database via wfdb.io.dl_database like so:
wfdb.io.dl_database("mimic3wdb-matched", "mimic3wdb-matched", records='all', annotators='all', keep_subdirs=True, overwrite=False)
After a long wait, we get an error indicating a missing file:
wfdb.io._url.NetFileNotFoundError: 404 Error: Not Found for url: https://physionet.org/files/mimic3wdb-matched/1.0/p01/p017488/3783537_10000.hea
While investigating we found that the corresponding RECORDS file contains more records than there are in the database:
https://physionet.org/files/mimic3wdb-matched/1.0/p01/p017488/RECORDS
RECORDS file:
Actual content:
wfdb.io.dl_database generates unique urls using this RECORDS file which then leads to the mentioned error above.
Some questions:
- Can someone adapt the RECORDS file to reflect the database content
- The download via
wfdb.io.dl_databaseis excruciating slow. Would it make sens to rewritewfdb.io.dl_databaseto use multi-threading? Or what approach do you use to dump the whole database efficiently?
Hướng dẫn đóng góp
Chưa lập chỉ mục được hướng dẫn đóng góp cho kho mã nguồn này
Bắt đầu từ đâu
- Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
- Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
- Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
- Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.
Hướng nghiên cứu
Bắt đầu với wfdb.io.dl_database và so sánh tệp RECORDS mimic3wdb-matched được liên kết với nội dung cơ sở dữ liệu, bao gồm URL 3783537_10000.hea bị thiếu. Xác nhận các mục bổ sung gây ra lỗi tải xuống như thế nào, sau đó xác minh rằng việc tải xuống cơ sở dữ liệu không còn yêu cầu các bản ghi không tồn tại; thay đổi multithreading được đề xuất là một vấn đề riêng và rộng hơn.
Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.
Đánh giá
- Công nghệ
- python
- Lĩnh vực
- backend, data
- Loại issue
- Lỗi
- Độ khó
- 4/5
- Thời gian dự kiến
- 3-5 ngày
- Mức độ hoạt động
- Đình trệ
- Độ rõ ràng
- Khá rõ ràng
- Mức phù hợp với người mới
- 35/100