mimic3wdb-matched RECORDS file hast too many entries
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- 主要言語
- Jupyter Notebook
- スター
- 853
- フォーク
- 322
- PR マージ指標
- 30日以内にマージされた PR はありません
説明
We are trying to download the mimic3wdb-matched database via wfdb.io.dl_database like so:
wfdb.io.dl_database("mimic3wdb-matched", "mimic3wdb-matched", records='all', annotators='all', keep_subdirs=True, overwrite=False)
After a long wait, we get an error indicating a missing file:
wfdb.io._url.NetFileNotFoundError: 404 Error: Not Found for url: https://physionet.org/files/mimic3wdb-matched/1.0/p01/p017488/3783537_10000.hea
While investigating we found that the corresponding RECORDS file contains more records than there are in the database:
https://physionet.org/files/mimic3wdb-matched/1.0/p01/p017488/RECORDS
RECORDS file:
Actual content:
wfdb.io.dl_database generates unique urls using this RECORDS file which then leads to the mentioned error above.
Some questions:
- Can someone adapt the RECORDS file to reflect the database content
- The download via
wfdb.io.dl_databaseis excruciating slow. Would it make sens to rewritewfdb.io.dl_databaseto use multi-threading? Or what approach do you use to dump the whole database efficiently?
コントリビューションガイド
このリポジトリのコントリビューションガイドは索引されていません
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
調査の方向性
wfdb.io.dl_database から始め、リンクされている mimic3wdb-matched RECORDS ファイルとデータベースの内容を比較してください。存在しない 3783537_10000.hea URL も含めます。追加のエントリによってダウンロード失敗がどのように発生するかを確認し、その後、データベースのダウンロード時に存在しないレコードが要求されなくなったことを検証してください。提案されているマルチスレッド化の変更は、別の、より広範な問題です。
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
評価
- 技術スタック
- python
- 領域
- backend, data
- issue の種類
- バグ
- 難易度
- 4/5
- 見積もり時間
- 3〜5日
- 活発さ
- 停滞
- 明瞭さ
- おおむね明確
- 初心者へのやさしさ
- 35/100