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mimic3wdb-matched RECORDS file hast too many entries

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主要言語
Jupyter Notebook
スター
853
フォーク
322
PR マージ指標
30日以内にマージされた PR はありません

説明

We are trying to download the mimic3wdb-matched database via wfdb.io.dl_database like so:

wfdb.io.dl_database("mimic3wdb-matched", "mimic3wdb-matched", records='all', annotators='all', keep_subdirs=True, overwrite=False)

After a long wait, we get an error indicating a missing file:
wfdb.io._url.NetFileNotFoundError: 404 Error: Not Found for url: https://physionet.org/files/mimic3wdb-matched/1.0/p01/p017488/3783537_10000.hea

While investigating we found that the corresponding RECORDS file contains more records than there are in the database:
https://physionet.org/files/mimic3wdb-matched/1.0/p01/p017488/RECORDS

RECORDS file:
image

Actual content:
image

wfdb.io.dl_database generates unique urls using this RECORDS file which then leads to the mentioned error above.

Some questions:

  1. Can someone adapt the RECORDS file to reflect the database content
  2. The download via wfdb.io.dl_database is excruciating slow. Would it make sens to rewrite wfdb.io.dl_database to use multi-threading? Or what approach do you use to dump the whole database efficiently?

コントリビューションガイド

このリポジトリのコントリビューションガイドは索引されていません

はじめの一歩

  1. issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
  2. 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
  3. リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
  4. issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。

調査の方向性

wfdb.io.dl_database から始め、リンクされている mimic3wdb-matched RECORDS ファイルとデータベースの内容を比較してください。存在しない 3783537_10000.hea URL も含めます。追加のエントリによってダウンロード失敗がどのように発生するかを確認し、その後、データベースのダウンロード時に存在しないレコードが要求されなくなったことを検証してください。提案されているマルチスレッド化の変更は、別の、より広範な問題です。

索引モデルが issue の本文から書いたものです。

評価

技術スタック
python
領域
backend, data
issue の種類
バグ
難易度
4/5
見積もり時間
3〜5日
活発さ
停滞
明瞭さ
おおむね明確
初心者へのやさしさ
35/100

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