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mimic3wdb-matched RECORDS file hast too many entries

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Langage dominant
Jupyter Notebook
Étoiles
853
Forks
322
Métriques de merge des PR
Aucune PR mergée en 30 j

Description

We are trying to download the mimic3wdb-matched database via wfdb.io.dl_database like so:

wfdb.io.dl_database("mimic3wdb-matched", "mimic3wdb-matched", records='all', annotators='all', keep_subdirs=True, overwrite=False)

After a long wait, we get an error indicating a missing file:
wfdb.io._url.NetFileNotFoundError: 404 Error: Not Found for url: https://physionet.org/files/mimic3wdb-matched/1.0/p01/p017488/3783537_10000.hea

While investigating we found that the corresponding RECORDS file contains more records than there are in the database:
https://physionet.org/files/mimic3wdb-matched/1.0/p01/p017488/RECORDS

RECORDS file:
image

Actual content:
image

wfdb.io.dl_database generates unique urls using this RECORDS file which then leads to the mentioned error above.

Some questions:

  1. Can someone adapt the RECORDS file to reflect the database content
  2. The download via wfdb.io.dl_database is excruciating slow. Would it make sens to rewrite wfdb.io.dl_database to use multi-threading? Or what approach do you use to dump the whole database efficiently?

Guide de contribution

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Par où commencer

  1. Lisez l'issue en entier, puis le guide de contribution du projet.
  2. Signalez en commentaire que vous la prenez — cela évite que deux personnes fassent le même travail.
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Piste de recherche

Commencez par wfdb.io.dl_database et comparez le fichier RECORDS lié de mimic3wdb-matched avec le contenu de la base de données, y compris l’URL manquante 3783537_10000.hea. Confirmez comment les entrées supplémentaires provoquent des échecs de téléchargement, puis vérifiez que le téléchargement de la base de données ne demande plus d’enregistrements inexistants ; la modification proposée concernant le multithreading est une question distincte et plus vaste.

Rédigé par le modèle d'indexation à partir du texte de l'issue.

Évaluation

Stack technique
python
Domaine
backend, data
Type d'issue
Bug
Difficulté
4/5
Temps estimé
3-5 jours
Activité
À l'abandon
Clarté
Plutôt claire
Accessibilité débutants
35/100

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