M1. stdio transport for the MCP server

## Why

MCP is HTTP-only today (default port `6128`). The most common MCP client integration pattern (Claude Desktop, many IDE agents, sandboxed hosts) launches servers over **stdio**. HTTP-only is a hard compatibility wall and forces port management. With adoption growing across 60+ accounts, broadening client reach is the highest-leverage agent investment.

## Proposed behavior

- `--mcp-stdio` (or `--mcp --transport stdio`) starts the server on stdio; keep HTTP as an option.
- Document both transports in `docs/mcp.md`.

## Acceptance criteria

- Server usable from a stdio MCP client end-to-end.
- HTTP behavior unchanged.
- Tests cover transport selection.
- Docs updated.

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_Filed from the Agentic & Automation Roadmap (`docs/agentic-roadmap.md`), item **M1**, Wave 1. Priority P0._

まず MCP server の動作と CLI の起動パスを読み、その後、issue で提案されている transport の選択肢を確認します。docs/mcp.md と既存のテスト構成を使って、transport の選択がどこでカバーされているかを特定します。完了条件は、stdio がエンドツーエンドで動作し、HTTP に変更がなく、transport の選択がテストされ、両方の transport がドキュメント化されていることです。

索引モデルが issue の本文から書いたものです。