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agave
High quality visualization for volumetric image data

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Python · 32 Sterne
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Part 1 of Allen Cell and Structure Segmenter: classic image segmentation workflow

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Analysis of data produced by cvapipe for the variance paper

Jupyter Notebook · 24 Sterne
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A plugin that enables image segmentation provided by Allen Institute for Cell Science

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aics-cytoparam

Python · 7 Sterne
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Benchmarking different methods for extracting unsupervised representations from images

Python · 7 Sterne
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Napari plugin for ml segmentation

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Dynamics of ML-based morphological features indicate a shear stress-dependent bifurcation of hiPSC-derived endothelial cell states

Python · 2 Sterne
cell-feature-explorer
Plot and explore data that is linked to images, with an embedded viewer

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EMT_data_analysis
This repo contains code for EMT deliverable data analysis and has dependencies associated with output from EMT_image_analysis repo.

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Core algorithms for alignment of two-camera microscopy imagery

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Cell catalog 2.0

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Bisher 465 offene Issues indexiert

Toggle histograms Offen

Computational Requests enhancement

AllenCell/cell-feature-explorer#245 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
Clear the gallery without opening the gallery Offen

Computational Requests enhancement

AllenCell/cell-feature-explorer#247 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
Thumbnails do not match expected view? Offen

Computational Requests question

AllenCell/cell-feature-explorer#251 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
Open Vol-E in an external view Offen

Computational Requests enhancement

AllenCell/cell-feature-explorer#252 · 2 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
Restore Vol-E settings when returning to previous volumes ("memory") Offen

AllenCell/cell-feature-explorer#253 · 2 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
Handle/show warning when CSV data is missing File Path column Offen

AllenCell/cell-feature-explorer#268 · 0 Kommentare · 1 Reaktion · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
`(N/A)` label appears in the groupby list even when there are 0 N/A elements Offen

bug

AllenCell/cell-feature-explorer#270 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
Open selection as a multiscene file in Vol-E Offen

enhancement

AllenCell/cell-feature-explorer#273 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
Annotation tools Offen

enhancement question

AllenCell/cell-feature-explorer#275 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
Open BFF selections in CFE Offen

enhancement

AllenCell/cell-feature-explorer#276 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
Show/animate multiple thumbnails for images Offen

enhancement

AllenCell/cell-feature-explorer#277 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
Race condition in `promote.yml` causes deploys to be skipped Offen

bug Tech debt

AllenCell/cell-feature-explorer#281 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person · Indexiert am 13.9.2026
Updates based on UX review of popup hint Offen

AllenCell/cell-feature-explorer#289 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
Highlighted cells that are not currently visible are shown in the center of the plot Offen

bug

AllenCell/cell-feature-explorer#298 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
Expand/collapse the list of values in the group by and color by panels Offen

enhancement

AllenCell/cell-feature-explorer#299 · 0 Kommentare · 1 Reaktion · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
Missing link to access Cookies Setting Offen

bug

AllenCell/cell-feature-explorer#304 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
Do not reset plot view in CFE on selection Offen

bug enhancement

AllenCell/cell-feature-explorer#305 · 2 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
Enable opacity for connecting lines Offen

AllenCell/cell-feature-explorer#306 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
The bottom of each disease table should have rounding on the corners (just realized I failed to do this myself) Offen

AllenCell/cell-catalog#26 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person · Indexiert am 13.9.2026
Tutorial page Offen

AllenCell/cell-catalog#29 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person · Indexiert am 13.9.2026
Investigate Cloundary with Decap Offen

AllenCell/cell-catalog#88 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person · Indexiert am 13.9.2026
Render additional stem cell char tables Offen

blocked

AllenCell/cell-catalog#113 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person · Indexiert am 13.9.2026
AICS ID/Image thumbnail refresh Offen

AllenCell/cell-catalog#139 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
Hover interaction Offen

AllenCell/cell-catalog#168 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
hPSCreg Certification links are not working Offen

AllenCell/cell-catalog#203 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
compose admin config from partials Offen

AllenCell/cell-catalog#256 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
get rid of html in markdown Offen

AllenCell/cell-catalog#291 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person · Indexiert am 13.9.2026
Sortable columns in the disease cell catalog Offen

AllenCell/cell-catalog#332 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
graphql schema and typing refinement Offen

AllenCell/cell-catalog#413 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
Allow people to contact the author of an idea without exposing emails Offen

AllenCell/idea-board#9 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
System for a user to "claim" an idea Offen

AllenCell/idea-board#10 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person · Indexiert am 13.9.2026
Choose a stack for user interactions Offen

AllenCell/idea-board#30 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 2 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
EPIC: Users can interact with the site Offen

AllenCell/idea-board#31 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
Talk to Thao about click through analytics Offen

AllenCell/idea-board#43 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
use netlify function to send email to test email address Offen

AllenCell/idea-board#62 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
establish protocol for storing emails Offen

AllenCell/idea-board#63 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
Single JSON collection for contact list Offen

AllenCell/idea-board#97 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person · Indexiert am 13.9.2026
CMS publishes all PRs under Megan's name Offen

bug

AllenCell/idea-board#110 · 2 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person · Indexiert am 13.9.2026
test Offen

bug

AllenCell/idea-board#117 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
new resource types Offen

AllenCell/idea-board#119 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person · Indexiert am 13.9.2026
Add fields to idea data model Offen

AllenCell/idea-board#121 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person · Indexiert am 13.9.2026
Redesign to have "how to start working on this" Offen

AllenCell/idea-board#122 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person · Indexiert am 13.9.2026
Public API to add an idea via a backend service Offen

AllenCell/idea-board#123 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person · Indexiert am 13.9.2026
display intensity values Offen

milestone candidate ux

AllenCell/vole-core#60 · 4 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person · Indexiert am 13.9.2026
allow image to have segmentation ROIs embedded Offen

AllenCell/vole-core#63 · 2 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
internals: texture atlas vs 3d texture Offen

AllenCell/vole-core#67 · 2 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
more robust zarr reading including time selection and ome metadata Offen

AllenCell/vole-core#75 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person · Indexiert am 13.9.2026
implement bounding box in pathtrace mode Offen

AllenCell/vole-core#86 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
save out transparent png Offen

AllenCell/agave#40 · 2 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
load channels from separate files into same session Offen

AllenCell/agave#42 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026

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