AllenCell/allencell-segmenter-ml

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Napari plugin for ml segmentation

Estrellas: 5
Forks: 3
Issues abiertos para principiantes: 0
Issues indexados: 171

Lenguaje dominante: Python
Licencia: Sin datos de licencia
Último push a GitHub: 22/9/2025
Última indexación: 13/9/2026
Guía de contribución: Sin guía de contribución
Código de conducta: Sin código de conducta
Etiquetas para principiantes: Sin etiquetas para principiantes indexadas
Métricas de merge de PR: Sin PR fusionados en 30 d

Abierto Todos

171 issues abiertos indexados

Determine remote GPU feasability Abierto

AllenCell/allencell-segmenter-ml#11 · 1 comentario · 0 reacciones · 0 asignados · Indexado el 13/9/2026
Run napari from Ubuntu EC2 instance Abierto

blocked

AllenCell/allencell-segmenter-ml#86 · 1 comentario · 0 reacciones · 0 asignados · Indexado el 13/9/2026
Napari integration test Abierto

AllenCell/allencell-segmenter-ml#100 · 0 comentarios · 0 reacciones · 0 asignados · Indexado el 13/9/2026
cyto-dl client integration tests Abierto

AllenCell/allencell-segmenter-ml#162 · 0 comentarios · 0 reacciones · 0 asignados · Indexado el 13/9/2026
Create way to download sample data from cyto-dl for users Abierto

AllenCell/allencell-segmenter-ml#170 · 0 comentarios · 0 reacciones · 0 asignados · Indexado el 13/9/2026
Enable publish workflow to edit itself to list current version Abierto

AllenCell/allencell-segmenter-ml#190 · 0 comentarios · 0 reacciones · 0 asignados · Indexado el 13/9/2026
Improve handling of napari viewer events in prediction Abierto

AllenCell/allencell-segmenter-ml#201 · 0 comentarios · 0 reacciones · 0 asignados · Indexado el 13/9/2026
Move I/O operations to worker threads Abierto

AllenCell/allencell-segmenter-ml#204 · 2 comentarios · 0 reacciones · 0 asignados · Indexado el 13/9/2026
Explore alternative solutions for channel extraction multithreading Abierto

low priority refactor

AllenCell/allencell-segmenter-ml#205 · 1 comentario · 0 reacciones · 0 asignados · Indexado el 13/9/2026
Fix workflow file issues with deployment Abierto

AllenCell/allencell-segmenter-ml#210 · 1 comentario · 0 reacciones · 0 asignados · Indexado el 13/9/2026
Refactor prediction checklist to avoid thread interrupts Abierto

AllenCell/allencell-segmenter-ml#218 · 1 comentario · 0 reacciones · 0 asignados · Indexado el 13/9/2026
Disable structure size/image dimension inputs when continuing training Abierto

low priority

AllenCell/allencell-segmenter-ml#221 · 1 comentario · 0 reacciones · 0 asignados · Indexado el 13/9/2026
Curation UI blocks while loader initializes Abierto

AllenCell/allencell-segmenter-ml#223 · 1 comentario · 0 reacciones · 1 asignado · Indexado el 13/9/2026
Support all types of training inputs Abierto

wontfix

AllenCell/allencell-segmenter-ml#225 · 1 comentario · 0 reacciones · 0 asignados · Indexado el 13/9/2026
Curation save csv button Abierto

🚨 high priority🚨

AllenCell/allencell-segmenter-ml#227 · 1 comentario · 0 reacciones · 1 asignado · Indexado el 13/9/2026
Curation requirement experiment name Abierto

duplicate wontfix

AllenCell/allencell-segmenter-ml#229 · 1 comentario · 0 reacciones · 0 asignados · Indexado el 13/9/2026
Test using pyside Abierto

🚨 high priority🚨

AllenCell/allencell-segmenter-ml#230 · 0 comentarios · 0 reacciones · 1 asignado · Indexado el 13/9/2026
Refactor: move all module-level methods into Classes as staticmethods Abierto

low priority refactor

AllenCell/allencell-segmenter-ml#231 · 0 comentarios · 0 reacciones · 0 asignados · Indexado el 13/9/2026
Use cyto-dl overrides manager to generate overrides for prediction Abierto

low priority refactor

AllenCell/allencell-segmenter-ml#234 · 1 comentario · 0 reacciones · 0 asignados · Indexado el 13/9/2026
Single curation mask layer Abierto

🚨 high priority🚨 bug

AllenCell/allencell-segmenter-ml#248 · 0 comentarios · 0 reacciones · 1 asignado · Indexado el 13/9/2026
test cyto-dl latest fixes Abierto

🚨 high priority🚨

AllenCell/allencell-segmenter-ml#250 · 1 comentario · 0 reacciones · 1 asignado · Indexado el 13/9/2026
Reorder the module tabs Abierto

medium priority UI/UX

AllenCell/allencell-segmenter-ml#255 · 0 comentarios · 0 reacciones · 1 asignado · Indexado el 13/9/2026
Update the model selection section's text Abierto

medium priority UI/UX

AllenCell/allencell-segmenter-ml#256 · 0 comentarios · 0 reacciones · 1 asignado · Indexado el 13/9/2026
Curation UI: Update Progress section Abierto

🚨 high priority🚨 UI/UX

AllenCell/allencell-segmenter-ml#261 · 0 comentarios · 0 reacciones · 0 asignados · Indexado el 13/9/2026
Enable [+Create] button for Excluding Mask Abierto

🚨 high priority🚨 needs clarification UI/UX

AllenCell/allencell-segmenter-ml#262 · 3 comentarios · 0 reacciones · 1 asignado · Indexado el 13/9/2026
Curation UI: set colormap & blending mode for images loaded in the viewer by the Curation UI Abierto

🚨 high priority🚨 UI/UX

AllenCell/allencell-segmenter-ml#263 · 2 comentarios · 0 reacciones · 1 asignado · Indexado el 13/9/2026
Curation UI: Add feedback message at the end of the curation Abierto

🚨 high priority🚨 UI/UX

AllenCell/allencell-segmenter-ml#265 · 0 comentarios · 0 reacciones · 0 asignados · Indexado el 13/9/2026
Curation UI: load only structure channel in the raw image if the image is a multi-channel file Abierto

needs clarification UI/UX

AllenCell/allencell-segmenter-ml#266 · 2 comentarios · 0 reacciones · 0 asignados · Indexado el 13/9/2026
Curation UI: Behaviors related to [Delete] mask button click Abierto

medium priority needs clarification UI/UX

AllenCell/allencell-segmenter-ml#267 · 1 comentario · 0 reacciones · 1 asignado · Indexado el 13/9/2026
Bug: Curation UI: [raw] image loaded incorrectly Abierto

bug needs clarification UI/UX

AllenCell/allencell-segmenter-ml#268 · 1 comentario · 0 reacciones · 0 asignados · Indexado el 13/9/2026
Curation UI: Mask section updates Abierto

medium priority UI/UX

AllenCell/allencell-segmenter-ml#269 · 0 comentarios · 0 reacciones · 1 asignado · Indexado el 13/9/2026
UX: Curation UI: Make [Save] mask button more prominent Abierto

UI/UX

AllenCell/allencell-segmenter-ml#270 · 1 comentario · 0 reacciones · 2 asignados · Indexado el 13/9/2026
Curation UI: Design: Add [Save Progress] function to save out CSV Abierto

medium priority UI/UX

AllenCell/allencell-segmenter-ml#271 · 4 comentarios · 0 reacciones · 2 asignados · Indexado el 13/9/2026
Training UI: Update Training Images section Abierto

medium priority UI/UX

AllenCell/allencell-segmenter-ml#272 · 2 comentarios · 0 reacciones · 2 asignados · Indexado el 13/9/2026
UX: Training UI: Display model stats upon training completion Abierto

low priority UI/UX

AllenCell/allencell-segmenter-ml#273 · 1 comentario · 0 reacciones · 0 asignados · Indexado el 13/9/2026
Prediction UI: Remove Pre/Post Processing section Abierto

🚨 high priority🚨 UI/UX

AllenCell/allencell-segmenter-ml#274 · 1 comentario · 0 reacciones · 1 asignado · Indexado el 13/9/2026
UI/UX: Update text throughout the plugin Abierto

🚨 high priority🚨 UI/UX

AllenCell/allencell-segmenter-ml#275 · 1 comentario · 0 reacciones · 1 asignado · Indexado el 13/9/2026
TBD: Display result images from Prediction UI for on-screen image Abierto

medium priority UI/UX

AllenCell/allencell-segmenter-ml#276 · 1 comentario · 0 reacciones · 1 asignado · Indexado el 13/9/2026
UX: Test if models are platform dependent Abierto

AllenCell/allencell-segmenter-ml#277 · 2 comentarios · 0 reacciones · 2 asignados · Indexado el 13/9/2026
Remove Channel Selection from Training & Curation UI for V1 Abierto

UI/UX

AllenCell/allencell-segmenter-ml#278 · 0 comentarios · 0 reacciones · 0 asignados · Indexado el 13/9/2026
Model Selection: Show/Hide tab modules depends on the user's selection Abierto

🚨 high priority🚨 UI/UX

AllenCell/allencell-segmenter-ml#279 · 1 comentario · 0 reacciones · 1 asignado · Indexado el 13/9/2026
Curation UI: add a warning if user closes the plugin Abierto

medium priority UI/UX

AllenCell/allencell-segmenter-ml#280 · 1 comentario · 0 reacciones · 0 asignados · Indexado el 13/9/2026
Curation: generate test and validation csv Abierto

🚨 high priority🚨 needs clarification

AllenCell/allencell-segmenter-ml#281 · 1 comentario · 0 reacciones · 1 asignado · Indexado el 13/9/2026
Training UI: warning message for CSV input Abierto

needs prioritization UI/UX

AllenCell/allencell-segmenter-ml#282 · 0 comentarios · 0 reacciones · 0 asignados · Indexado el 13/9/2026
Catch-all notes only Abierto

AllenCell/allencell-segmenter-ml#284 · 0 comentarios · 0 reacciones · 1 asignado · Indexado el 13/9/2026
Thao share training dataset w Brian Abierto

AllenCell/allencell-segmenter-ml#285 · 0 comentarios · 0 reacciones · 1 asignado · Indexado el 13/9/2026
Main screen: update disabled/hidden tabs state if a model has not been selected Abierto

🚨 high priority🚨 UI/UX

AllenCell/allencell-segmenter-ml#286 · 0 comentarios · 0 reacciones · 2 asignados · Indexado el 13/9/2026
Training requires filters override Abierto

🚨 high priority🚨

AllenCell/allencell-segmenter-ml#289 · 0 comentarios · 0 reacciones · 1 asignado · Indexado el 13/9/2026
Set num workers based on users # of available cores on cpu Abierto

medium priority

AllenCell/allencell-segmenter-ml#290 · 0 comentarios · 0 reacciones · 1 asignado · Indexado el 13/9/2026
Curation record list changed directly in model state Abierto

low priority refactor

AllenCell/allencell-segmenter-ml#295 · 1 comentario · 0 reacciones · 1 asignado · Indexado el 13/9/2026

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