AaronRipleyQiagen / AaronRipleyQiagen/NMDX-Data-Analysis

Write a function that takes a Gen2 data file to create summary tables

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enhancement
主要言語
Jupyter Notebook
スター
2
フォーク
1
PR マージ指標
30日以内にマージされた PR はありません

説明

The summary table should include:
1. Total data points.
2. What type of assay.
3. Invalid rate in each category and combined. (UNR IND NR)
4. All systems that was used. Return a list of systems.
5. All cartridge that was used. Return a list of cartridges.
6. All cartridge that was used. Return a list of cartridges.
7. All module that was used. Return a list of modules.

コントリビューションガイド

このリポジトリのコントリビューションガイドは索引されていません

調査の方向性

Gen2 のデータファイル形式を理解するために、リポジトリ内にある既存のデータ処理関数を探してください。この関数では、ファイルを解析し、カテゴリ UNR、IND、NR の合計値と割合を計算し、システム、カートリッジ、モジュールの一意なリストを抽出する必要があります。結果をどのような構造にすべきか確認するため、テストやサンプル notebook がないか確認してください。

索引モデルが issue の本文から書いたものです。

評価

技術スタック
python
領域
data
issue の種類
機能追加
難易度
3/5
見積もり時間
1〜2日
活発さ
停滞
明瞭さ
おおむね明確
初心者へのやさしさ
45/100

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