OverflowError with rdann on LUED annotations w/numpy 2.2
还没有人认领这个 Issue。
评估
调研方向
从 wfdb/io/annotation.py 中的 rdann、proc_ann_bytes 和 proc_core_fields 开始,traceback 在这里到达 uint8 溢出。使用 NumPy 2.2.1 和 1.26.4 运行 LUDB rdann 示例,然后验证在较新版本下 annotation 加载能够在没有 OverflowError 的情况下完成。
由索引模型根据 Issue 内容生成。
描述
Another area of incompatibility with numpy 2.2 I fear...
If I try
wfdb.rdann('physionet.org/files/ludb/1.0.0/1', extension='atr_ii')
or (for version 1.0.1)
wfdb.rdann('physionet.org/files/ludb/1.0.1/1', extension='ii')
I get:
---------------------------------------------------------------------------
OverflowError Traceback (most recent call last)
Cell In[38], line 2
1 # os.path.join(folder_path, str(pid))
----> 2 wfdb.rdann('physionet.org/files/ludb/1.0.0/1', extension='atr_ii')
File ~/miniconda3/envs/pytorch-aline/lib/python3.12/site-packages/wfdb/io/annotation.py:1953, in rdann(record_name, extension, sampfrom, sampto, shift_samps, pn_dir, return_label_elements, summarize_labels)
1950 filebytes = load_byte_pairs(record_name, extension, pn_dir)
1952 # Get WFDB annotation fields from the file bytes
-> 1953 (sample, label_store, subtype, chan, num, aux_note) = proc_ann_bytes(
1954 filebytes, sampto
1955 )
1957 # Get the indices of annotations that hold definition information about
1958 # the entire annotation file, and other empty annotations to be removed.
1959 potential_definition_inds, rm_inds = get_special_inds(
1960 sample, label_store, aux_note
1961 )
File ~/miniconda3/envs/pytorch-aline/lib/python3.12/site-packages/wfdb/io/annotation.py:2154, in proc_ann_bytes(filebytes, sampto)
2146 # Process annotations. Iterate across byte pairs.
2147 # Sequence for one ann is:
2148 # - SKIP pair (if any)
2149 # - samp + sym pair
2150 # - other pairs (if any)
2151 # The last byte pair of the file is 0 indicating eof.
2152 while bpi < filebytes.shape[0] - 1:
2153 # Get the sample and label_store fields of the current annotation
-> 2154 sample_diff, current_label_store, bpi = proc_core_fields(filebytes, bpi)
2155 sample_total = sample_total + sample_diff
2156 sample.append(sample_total)
File ~/miniconda3/envs/pytorch-aline/lib/python3.12/site-packages/wfdb/io/annotation.py:2240, in proc_core_fields(filebytes, bpi)
2238 # Not a skip - it is the actual sample number + annotation type store value
2239 label_store = filebytes[bpi, 1] >> 2
-> 2240 sample_diff += int(filebytes[bpi, 0] + 256 * (filebytes[bpi, 1] & 3))
2241 bpi = bpi + 1
2243 return sample_diff, label_store, bpi
OverflowError: Python integer 256 out of bounds for uint8
Using the command line rdann works fine, and it works after downgrading numpy 1.26. Seems likely related to #493 ?
Pertinent versions:
wfdb-python == 4.1.2
numpy == 2.2.1 (broken)
numpy == 1.26.4 (works)
python == 3.12
- 主要语言
- Jupyter Notebook
- 星标
- 853
- 派生
- 322
- PR 合并指标
- 30 天内没有已合并 PR
贡献指南
这个仓库没有索引到贡献指南
从这里开始
- 先读完整个 Issue,再读项目的贡献指南。
- 在 Issue 下留言说明你要接手 —— 这能避免两个人做同样的事。
- Fork 仓库,在一个分支上完成修改。
- 提交 Pull Request,并在描述里引用这个 Issue 编号。
MIT-LCP/wfdb-python 的其他 Issue
-
难度 4/5 3-5 天 新手友好度 45/100
MIT-LCP/wfdb-python#568 ·
-
难度 3/5 1-2 天 新手友好度 48/100
MIT-LCP/wfdb-python#557 ·
-
难度 2/5 1-3 小时 新手友好度 58/100
MIT-LCP/wfdb-python#554 ·
-
难度 4/5 3-5 天 新手友好度 35/100
MIT-LCP/wfdb-python#545 ·
-
难度 5/5 一周以上 新手友好度 30/100
MIT-LCP/wfdb-python#540 ·
查看 MIT-LCP/wfdb-python 的全部 Issue
相似的 Issue
-
bug needs triage p2
难度 2/5 1-3 小时 新手友好度 78/100
GoogleCloudPlatform/DataflowTemplates#4273 · 1 条评论 ·
-
难度 1/5 1 小时以内 新手友好度 90/100
-
correction metadata
难度 1/5 1 小时以内 新手友好度 72/100
acl-org/acl-anthology#10025 · 1 条评论 ·
-
bug
难度 2/5 1-3 小时 新手友好度 88/100
-
难度 2/5 1-3 小时 新手友好度 76/100