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Single-cell analysis in Python. Scales to >100M cells.

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Deep probabilistic analysis of single-cell and spatial omics data

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🧬 gget enables efficient querying of genomic reference databases

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Annotated data.

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A Python implementation of the DESeq2 pipeline for bulk RNA-seq DEA.

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Spatial Single Cell Analysis in Python

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CellRank: dynamics from multi-view single-cell data

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An open and interoperable data framework for spatial omics data

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rapids-singlecell: GPU-accelerated framework for scRNA analysis

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Single-cell epigenomics analysis tools

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muon is a multimodal omics Python framework

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Cookiecutter template for scverse

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未关闭全部

tl.consensus and tl.aggregate drop obsm, so a corrected embedding cannot be reduced 未关闭

难度 3/5 1-2 天新手友好度 68/100

scverse/mantispy#105 · 2026年9月20日创建
The schema requires CellProfiler var columns of every object, including those with no such features 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 48/100

scverse/mantispy#104 · 2026年9月20日创建
tl.feature_signature returns an object io.validate rejects 未关闭

bug

难度 2/5 1-3 小时新手友好度 88/100

scverse/mantispy#103 · 2026年9月20日创建
Nothing in the repository regenerates registry.yaml 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 58/100

scverse/mantispy#96 · 2026年9月20日创建
The CI data cache has no size budget, and the 10 GB limit fails quietly 未关闭

难度 2/5 1-3 小时新手友好度 88/100

scverse/mantispy#95 · 2026年9月20日创建
jump_target2 cannot be asked for a plate from particular sources 未关闭

难度 5/5 一周以上新手友好度 35/100

scverse/mantispy#94 · 2026年9月20日创建
Multi-plate profiles are read one file at a time 未关闭

难度 2/5 1-3 小时新手友好度 78/100

scverse/mantispy#93 · 2026年9月20日创建
import mantispy parses the whole dataset registry, even when no dataset is loaded 未关闭

难度 3/5 1-2 天新手友好度 72/100

scverse/mantispy#92 · 2026年9月20日创建
composition_dispersion is not a reserved uns name, and hit_calling's Raises is out of date 未关闭

难度 2/5 1-3 小时新手友好度 84/100

scverse/mantispy#91 · 2026年9月20日创建
hitcall is not checked numerically against tcplfit2 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 68/100

scverse/mantispy#90 · 2026年9月20日创建
cluster_composition's raw p-values stay anti-conservative after the dispersion correction 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 42/100

scverse/mantispy#89 · 2026年9月20日创建
The OASIS plate-map join duplicates _join_platemap and loses its validation 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 35/100

scverse/mantispy#86 · 2026年9月20日创建
The constant model in dose_response uses a second optimizer for the same likelihood 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 68/100

scverse/mantispy#85 · 2026年9月20日创建
Some bugs I found while reviewing a PR 未关闭

bug

难度 4/5 3-5 天新手友好度 35/100

scverse/annbatch#278 · 2026年9月19日创建
Why does fau need to know about numba internals for thread layer 未关闭

难度 5/5 一周以上新手友好度 30/100

scverse/fast-array-utils#215 · 2026年9月18日创建
Document each shipped dataset: derived columns, stats, and the scripts that rebuild it 未关闭

documentation

难度 4/5 一周以上新手友好度 45/100

scverse/mantispy#74 · 2026年9月18日创建
Cell-resolution tests treat cells within a well as independent replicates 未关闭

难度 5/5 一周以上新手友好度 35/100

scverse/mantispy#68 · 2026年9月18日创建
transform_grouped reads the whole matrix to size its output, defeating the backed path 未关闭

bug

难度 2/5 1-3 小时新手友好度 86/100

scverse/mantispy#67 · 2026年9月18日创建
Cross-fit the hit-calling covariance instead of splitting the controls in half 未关闭

enhancement

难度 5/5 一周以上新手友好度 30/100

scverse/mantispy#64 · 2026年9月18日创建
read_export cannot link objects that share a child instead of a parent 未关闭

enhancement

难度 4/5 3-5 天新手友好度 64/100

scverse/mantispy#61 · 2026年9月18日创建
np.errstate does not suppress numpy's all-NaN RuntimeWarnings in pp/_select.py 未关闭

难度 3/5 1-2 天新手友好度 74/100

scverse/mantispy#57 · 2026年9月17日创建
pl.transport raises IndexError on an empty transport table 未关闭

难度 2/5 1-3 小时新手友好度 86/100

scverse/mantispy#55 · 2026年9月17日创建
pl.control_drift raises a bare IndexError at n_components=1 未关闭

难度 1/5 1 小时以内新手友好度 90/100

scverse/mantispy#54 · 2026年9月17日创建
Add an iLISI and silhouette equivalence test against scib-metrics 未关闭

难度 3/5 1-2 天新手友好度 72/100

scverse/mantispy#53 · 2026年9月17日创建
Migrate pp.harmony to scanpy's core harmony_integrate once 1.13 is stable 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 45/100

scverse/mantispy#52 · 2026年9月17日创建
`ClassSampler` undersamples longer runs and doesn't sample proportionally by run length 未关闭

bug

scverse/annbatch#273 · 已指派 1 人 · 2026年9月17日创建
Add cross-reference roles, admonitions and a standard page header 未关闭

documentation

难度 4/5 3-5 天新手友好度 48/100

scverse/mantispy#48 · 2026年9月17日创建
Raise figure density in the tutorials 未关闭

documentation

难度 4/5 3-5 天新手友好度 45/100

scverse/mantispy#47 · 2026年9月17日创建
Replace dict-literal result cells in the tutorials 未关闭

documentation

难度 4/5 3-5 天新手友好度 65/100

scverse/mantispy#46 · 2026年9月17日创建
Split documentation into Tutorials, Examples and Pitfalls 未关闭

documentation

难度 5/5 一周以上新手友好度 30/100

scverse/mantispy#45 · 2026年9月17日创建
Tutorial index is a bare toctree; landing page is the README 未关闭

documentation

难度 4/5 3-5 天新手友好度 45/100

scverse/mantispy#43 · 2026年9月17日创建
Tutorial prose refers to warnings the docs build strips 未关闭

documentation

难度 4/5 3-5 天新手友好度 68/100

scverse/mantispy#42 · 2026年9月17日创建
Private symbols are imported in the published tutorials 未关闭

enhancement

难度 4/5 3-5 天新手友好度 65/100

scverse/mantispy#38 · 2026年9月17日创建
No public way to stamp a hand-built AnnData 未关闭

enhancement

难度 4/5 3-5 天新手友好度 68/100

scverse/mantispy#37 · 2026年9月17日创建
Publish to PyPI and submit to scverse ecosystem-packages 未关闭

enhancement

难度 4/5 3-5 天新手友好度 58/100

scverse/mantispy#36 · 2026年9月17日创建
More `jit` options, specifically `nogil=True` on the serial kernels 未关闭

难度 3/5 1-2 天新手友好度 65/100

scverse/fast-array-utils#213 · 4 条评论 · 2026年9月17日创建
`highly_variable_genes` with `batch_key` and `subset=True` keeps the wrong genes when `n_top_genes` is not set 未关闭

难度 2/5 1-3 小时新手友好度 84/100

scverse/scanpy#4370 · 2026年9月17日创建
TOTALVI.get_normalized_expression omits learned protein capture efficiency 未关闭

bug

难度 3/5 1-2 天新手友好度 74/100

scverse/scvi-tools#4022 · 2026年9月16日创建
Visium HD: empty `dataset_id` default produces an unnamed coordinate system that napari-spatialdata can't select 未关闭

bug

难度 3/5 1-2 天新手友好度 58/100

scverse/spatialdata-io#422 · 2026年9月16日创建
Outline color palette is ignored in `render_shapes` if no color is passed 未关闭

bug

难度 3/5 1-2 天新手友好度 68/100

scverse/spatialdata-plot#777 · 2026年9月16日创建
Integration Testing CI Test Failure on python 3.12 未关闭

难度 3/5 1-2 天新手友好度 35/100

scverse/SnapATAC2#501 · 2026年9月16日创建
Bugs and problems in calculate_niche and in unreleased main. 未关闭

难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

scverse/squidpy#1293 · 2026年9月15日创建
Group modules in TOC 未关闭

scverse/mantispy#27 · 已指派 1 人 · 2026年9月14日创建
Use new annbatch/pertpy/etc doc style 未关闭

scverse/mantispy#23 · 1 条评论 · 已指派 1 人 · 2026年9月14日创建
Add logo 未关闭

scverse/mantispy#22 · 已指派 1 人 · 2026年9月14日创建
Large Cell Painting Gallery accessions in mantispy.ds 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 52/100

scverse/mantispy#21 · 2026年9月14日创建
pycytominer equivalence suite 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 55/100

scverse/mantispy#19 · 1 条评论 · 2026年9月14日创建
Evaluation metrics 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 45/100

scverse/mantispy#18 · 1 条评论 · 2026年9月14日创建
Feature selection and outlier detection 未关闭

难度 5/5 一周以上新手友好度 35/100

scverse/mantispy#16 · 2026年9月14日创建
Sphering and batch correction 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 52/100

scverse/mantispy#17 · 2026年9月14日创建

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