Propietario

scverse

49 repositorios indexados · Ver en GitHub

scanpy
Single-cell analysis in Python. Scales to >100M cells.

Python · 2562 estrellas
scvi-tools
Deep probabilistic analysis of single-cell and spatial omics data

Python · 1695 estrellas
gget
🧬 gget enables efficient querying of genomic reference databases

Python · 1200 estrellas
anndata
Annotated data.

Python · 773 estrellas
PyDESeq2
A Python implementation of the DESeq2 pipeline for bulk RNA-seq DEA.

Python · 761 estrellas
squidpy
Spatial Single Cell Analysis in Python

Python · 598 estrellas
cellrank
CellRank: dynamics from multi-view single-cell data

Python · 456 estrellas
spatialdata
An open and interoperable data framework for spatial omics data

Python · 394 estrellas
rapids-singlecell
rapids-singlecell: GPU-accelerated framework for scRNA analysis

Python · 394 estrellas
pertpy
Single-cell perturbation analysis

Python · 346 estrellas
SnapATAC2
Single-cell epigenomics analysis tools

Python · 323 estrellas
liana
LIANA+: an all-in-one framework for cell-cell communication

Python · 316 estrellas
decoupler
Python package to perform enrichment analysis from omics data.

Python · 294 estrellas
muon
muon is a multimodal omics Python framework

Python · 279 estrellas
scirpy
A scanpy extension to analyse single-cell TCR and BCR data.

Python · 265 estrellas
anndataR
AnnData interoperability in R

R · 196 estrellas
mudata
Multimodal Data (.h5mu) implementation for Python

Python · 134 estrellas
spatialdata-io

Python · 103 estrellas
napari-spatialdata
Interactive visualization of spatial omics data

Python · 90 estrellas
cookiecutter-scverse
Cookiecutter template for scverse

Python · 89 estrellas
29 repositorios más están en Ver en GitHub

Para principiantes Todo

Abierto Todos

Integration Testing CI Test Failure on python 3.14 with prerelease dependencies Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 42/100

scverse/mudata#200 · Abierto el 21/9/2026
tl.consensus and tl.aggregate drop obsm, so a corrected embedding cannot be reduced Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 68/100

scverse/mantispy#105 · Abierto el 20/9/2026
The schema requires CellProfiler var columns of every object, including those with no such features Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 48/100

scverse/mantispy#104 · Abierto el 20/9/2026
tl.feature_signature returns an object io.validate rejects Abierto

bug

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 88/100

scverse/mantispy#103 · Abierto el 20/9/2026
Nothing in the repository regenerates registry.yaml Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 58/100

scverse/mantispy#96 · Abierto el 20/9/2026
The CI data cache has no size budget, and the 10 GB limit fails quietly Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 88/100

scverse/mantispy#95 · Abierto el 20/9/2026
jump_target2 cannot be asked for a plate from particular sources Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

scverse/mantispy#94 · Abierto el 20/9/2026
Multi-plate profiles are read one file at a time Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 78/100

scverse/mantispy#93 · Abierto el 20/9/2026
import mantispy parses the whole dataset registry, even when no dataset is loaded Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 72/100

scverse/mantispy#92 · Abierto el 20/9/2026
composition_dispersion is not a reserved uns name, and hit_calling's Raises is out of date Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 84/100

scverse/mantispy#91 · Abierto el 20/9/2026
hitcall is not checked numerically against tcplfit2 Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 68/100

scverse/mantispy#90 · Abierto el 20/9/2026
cluster_composition's raw p-values stay anti-conservative after the dispersion correction Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 42/100

scverse/mantispy#89 · Abierto el 20/9/2026
The OASIS plate-map join duplicates _join_platemap and loses its validation Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

scverse/mantispy#86 · Abierto el 20/9/2026
The constant model in dose_response uses a second optimizer for the same likelihood Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 68/100

scverse/mantispy#85 · Abierto el 20/9/2026
Some bugs I found while reviewing a PR Abierto

bug

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

scverse/annbatch#278 · Abierto el 19/9/2026
Why does fau need to know about numba internals for thread layer Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 30/100

scverse/fast-array-utils#215 · Abierto el 18/9/2026
Document each shipped dataset: derived columns, stats, and the scripts that rebuild it Abierto

documentation

Dificultad 4/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 45/100

scverse/mantispy#74 · Abierto el 18/9/2026
Cell-resolution tests treat cells within a well as independent replicates Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

scverse/mantispy#68 · Abierto el 18/9/2026
transform_grouped reads the whole matrix to size its output, defeating the backed path Abierto

bug

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 86/100

scverse/mantispy#67 · Abierto el 18/9/2026
Cross-fit the hit-calling covariance instead of splitting the controls in half Abierto

enhancement

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 30/100

scverse/mantispy#64 · Abierto el 18/9/2026
read_export cannot link objects that share a child instead of a parent Abierto

enhancement

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 64/100

scverse/mantispy#61 · Abierto el 18/9/2026
np.errstate does not suppress numpy's all-NaN RuntimeWarnings in pp/_select.py Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 74/100

scverse/mantispy#57 · Abierto el 17/9/2026
pl.transport raises IndexError on an empty transport table Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 86/100

scverse/mantispy#55 · Abierto el 17/9/2026
pl.control_drift raises a bare IndexError at n_components=1 Abierto

Dificultad 1/5 Menos de una hora Aptitud para principiantes 90/100

scverse/mantispy#54 · Abierto el 17/9/2026
Add an iLISI and silhouette equivalence test against scib-metrics Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 72/100

scverse/mantispy#53 · Abierto el 17/9/2026
Migrate pp.harmony to scanpy's core harmony_integrate once 1.13 is stable Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100

scverse/mantispy#52 · Abierto el 17/9/2026
`ClassSampler` undersamples longer runs and doesn't sample proportionally by run length Abierto

bug

scverse/annbatch#273 · 1 asignado · Abierto el 17/9/2026
Add cross-reference roles, admonitions and a standard page header Abierto

documentation

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 48/100

scverse/mantispy#48 · Abierto el 17/9/2026
Raise figure density in the tutorials Abierto

documentation

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100

scverse/mantispy#47 · Abierto el 17/9/2026
Replace dict-literal result cells in the tutorials Abierto

documentation

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 65/100

scverse/mantispy#46 · Abierto el 17/9/2026
Split documentation into Tutorials, Examples and Pitfalls Abierto

documentation

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 30/100

scverse/mantispy#45 · Abierto el 17/9/2026
Tutorial index is a bare toctree; landing page is the README Abierto

documentation

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100

scverse/mantispy#43 · Abierto el 17/9/2026
Tutorial prose refers to warnings the docs build strips Abierto

documentation

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 68/100

scverse/mantispy#42 · Abierto el 17/9/2026
Private symbols are imported in the published tutorials Abierto

enhancement

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 65/100

scverse/mantispy#38 · Abierto el 17/9/2026
No public way to stamp a hand-built AnnData Abierto

enhancement

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 68/100

scverse/mantispy#37 · Abierto el 17/9/2026
Publish to PyPI and submit to scverse ecosystem-packages Abierto

enhancement

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 58/100

scverse/mantispy#36 · Abierto el 17/9/2026
More `jit` options, specifically `nogil=True` on the serial kernels Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 65/100

scverse/fast-array-utils#213 · 4 comentarios · Abierto el 17/9/2026
`highly_variable_genes` with `batch_key` and `subset=True` keeps the wrong genes when `n_top_genes` is not set Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 84/100

scverse/scanpy#4370 · Abierto el 17/9/2026
TOTALVI.get_normalized_expression omits learned protein capture efficiency Abierto

bug

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 74/100

scverse/scvi-tools#4022 · Abierto el 16/9/2026
Visium HD: empty `dataset_id` default produces an unnamed coordinate system that napari-spatialdata can't select Abierto

bug

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 58/100

scverse/spatialdata-io#422 · Abierto el 16/9/2026
Outline color palette is ignored in `render_shapes` if no color is passed Abierto

bug

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 68/100

scverse/spatialdata-plot#777 · Abierto el 16/9/2026
Integration Testing CI Test Failure on python 3.12 Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

scverse/SnapATAC2#501 · Abierto el 16/9/2026
Bugs and problems in calculate_niche and in unreleased main. Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

scverse/squidpy#1293 · Abierto el 15/9/2026
Group modules in TOC Abierto

scverse/mantispy#27 · 1 asignado · Abierto el 14/9/2026
Use new annbatch/pertpy/etc doc style Abierto

scverse/mantispy#23 · 1 comentario · 1 asignado · Abierto el 14/9/2026
Add logo Abierto

scverse/mantispy#22 · 1 asignado · Abierto el 14/9/2026
Large Cell Painting Gallery accessions in mantispy.ds Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 52/100

scverse/mantispy#21 · Abierto el 14/9/2026
pycytominer equivalence suite Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 55/100

scverse/mantispy#19 · 1 comentario · Abierto el 14/9/2026
Evaluation metrics Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100

scverse/mantispy#18 · 1 comentario · Abierto el 14/9/2026
Feature selection and outlier detection Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

scverse/mantispy#16 · Abierto el 14/9/2026

Mostrando los 100 más recientes

Esta página solo lista lo indexado más recientemente. El filtro avanzado tiene el inventario completo, acotado por lenguaje, dificultad y duración.

Abrir el filtro avanzado

scverse

Mostrando los 100 más recientes

Recibe los nuevos issues en tu correo