OverflowError with rdann on LUED annotations w/numpy 2.2
Chưa có ai nhận issue này.
Đánh giá
- Độ khó
- 3/5
- Thời gian dự kiến
- 1-2 ngày
- Mức phù hợp với người mới
- 45/100
Hướng nghiên cứu
Bắt đầu trong wfdb/io/annotation.py tại rdann, proc_ann_bytes và proc_core_fields, nơi traceback đi đến lỗi tràn uint8. Chạy các ví dụ rdann của LUDB với NumPy 2.2.1 và 1.26.4, sau đó xác minh rằng việc tải annotation hoàn tất mà không có OverflowError trong phiên bản mới hơn.
Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.
Mô tả
Another area of incompatibility with numpy 2.2 I fear...
If I try
wfdb.rdann('physionet.org/files/ludb/1.0.0/1', extension='atr_ii')
or (for version 1.0.1)
wfdb.rdann('physionet.org/files/ludb/1.0.1/1', extension='ii')
I get:
---------------------------------------------------------------------------
OverflowError Traceback (most recent call last)
Cell In[38], line 2
1 # os.path.join(folder_path, str(pid))
----> 2 wfdb.rdann('physionet.org/files/ludb/1.0.0/1', extension='atr_ii')
File ~/miniconda3/envs/pytorch-aline/lib/python3.12/site-packages/wfdb/io/annotation.py:1953, in rdann(record_name, extension, sampfrom, sampto, shift_samps, pn_dir, return_label_elements, summarize_labels)
1950 filebytes = load_byte_pairs(record_name, extension, pn_dir)
1952 # Get WFDB annotation fields from the file bytes
-> 1953 (sample, label_store, subtype, chan, num, aux_note) = proc_ann_bytes(
1954 filebytes, sampto
1955 )
1957 # Get the indices of annotations that hold definition information about
1958 # the entire annotation file, and other empty annotations to be removed.
1959 potential_definition_inds, rm_inds = get_special_inds(
1960 sample, label_store, aux_note
1961 )
File ~/miniconda3/envs/pytorch-aline/lib/python3.12/site-packages/wfdb/io/annotation.py:2154, in proc_ann_bytes(filebytes, sampto)
2146 # Process annotations. Iterate across byte pairs.
2147 # Sequence for one ann is:
2148 # - SKIP pair (if any)
2149 # - samp + sym pair
2150 # - other pairs (if any)
2151 # The last byte pair of the file is 0 indicating eof.
2152 while bpi < filebytes.shape[0] - 1:
2153 # Get the sample and label_store fields of the current annotation
-> 2154 sample_diff, current_label_store, bpi = proc_core_fields(filebytes, bpi)
2155 sample_total = sample_total + sample_diff
2156 sample.append(sample_total)
File ~/miniconda3/envs/pytorch-aline/lib/python3.12/site-packages/wfdb/io/annotation.py:2240, in proc_core_fields(filebytes, bpi)
2238 # Not a skip - it is the actual sample number + annotation type store value
2239 label_store = filebytes[bpi, 1] >> 2
-> 2240 sample_diff += int(filebytes[bpi, 0] + 256 * (filebytes[bpi, 1] & 3))
2241 bpi = bpi + 1
2243 return sample_diff, label_store, bpi
OverflowError: Python integer 256 out of bounds for uint8
Using the command line rdann works fine, and it works after downgrading numpy 1.26. Seems likely related to #493 ?
Pertinent versions:
wfdb-python == 4.1.2
numpy == 2.2.1 (broken)
numpy == 1.26.4 (works)
python == 3.12
- Ngôn ngữ chính
- Jupyter Notebook
- Star
- 853
- Fork
- 322
- Chỉ số merge pull request
- Không có pull request nào được merge trong 30 ngày
Hướng dẫn đóng góp
Chưa lập chỉ mục được hướng dẫn đóng góp cho kho mã nguồn này
Bắt đầu từ đâu
- Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
- Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
- Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
- Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.
Issue khác của MIT-LCP/wfdb-python
-
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 45/100
MIT-LCP/wfdb-python#568 ·
-
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 48/100
MIT-LCP/wfdb-python#557 ·
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 58/100
MIT-LCP/wfdb-python#554 ·
-
WFDB path ignored Đang mở
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 35/100
MIT-LCP/wfdb-python#545 ·
-
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 30/100
MIT-LCP/wfdb-python#540 ·
Tất cả issue của MIT-LCP/wfdb-python
Issue tương tự
-
bug needs triage p2
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 78/100
GoogleCloudPlatform/DataflowTemplates#4273 · 1 bình luận ·
-
Độ khó 1/5 Dưới một giờ Mức phù hợp với người mới 90/100
-
correction metadata
Độ khó 1/5 Dưới một giờ Mức phù hợp với người mới 72/100
acl-org/acl-anthology#10025 · 1 bình luận ·
-
bug
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 88/100
-
indexing issue in correct_cte Đang mở
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 76/100