slice performance

Đang mở
#571 13 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
4/5
Thời gian dự kiến
3-5 ngày
Mức phù hợp với người mới
35/100
Loại issue
Lỗi
Độ rõ ràng
Cần làm rõ
Mức độ hoạt động
Đình trệ
Công nghệ
rust
Lĩnh vực
performance

Hướng nghiên cứu

Start with the reported bench_loop and bench_slice benchmarks, comparing test_loop with test_slice on the same 3x3x3 patches in an 11x11x11 Array3. Inspect the slice and azip paths in the referenced src or lib code and determine what accounts for the timing difference. Done means explaining the slowdown and identifying whether the clean implementation can match the loop without changing its result.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

performance

Don't try to understand my first version too much, the second function is much simpler. It's simply comparing two 3x3x3 patches of data in a 11x11x11 image and returning a score. I refactored this function from

fn test_loop(data: &[f64], m: usize, n: usize, o: usize) -> f64 {
    let pl = 3;
    let br = 4;
    let bl = 11;
    let bl2 = bl * bl;
    let mut sum = 0.0;
    for a in 0..pl {
        let idx1_a = (br + a) * bl2;
        let idx2_a = (m + a) * bl2;
        for b in 0..pl {
            let idx1_b = (br + b) * bl;
            let idx2_b = (n + b) * bl;
            for c in 0..pl {
                let idx1 = idx1_a + idx1_b + br + c;
                let idx2 = idx2_a + idx2_b + o + c;
                let diff = (data[idx1] - data[idx2]).powi(2);
                sum += diff;
            }
        }
    }
    sum
}

to

fn test_slice(data: &Array3<f64>, m: usize, n: usize, o: usize) -> f64 {
    let pl = 3;
    let br = 4;
    let s1 = data.slice(s![br..br+pl, br..br+pl, br..br+pl]);
    let s2 = data.slice(s![m..m+pl, n..n+pl, o..o+pl]);

    let mut sum = 0.0;
    azip!(s1, s2 in { sum += (s1 - s2).powi(2) });
    sum
}

Of course, I'm happy with the code quality now (!), but the clean version is surprisingly slow. I benched those 2 functions using the same data, with test_loop using &data.as_slice().unwrap() instead of &data

test bench_loop              ... bench:          25 ns/iter (+/- 5)
test bench_slice             ... bench:         142 ns/iter (+/- 1)

Are those results surprising to you? Both versions don't allocate, calculate the indices (in src or lib) and the sum, etc. I fail to see why the clean version is almost 6 times slower. Is slice doing something really complex?

Ngôn ngữ chính
Rust
Star
4.3k
Fork
391
Chỉ số merge pull request
Không có pull request nào được merge trong 30 ngày

Hướng dẫn đóng góp

Chưa lập chỉ mục được hướng dẫn đóng góp cho kho mã nguồn này

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của rust-ndarray/ndarray

Tất cả issue của rust-ndarray/ndarray

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.