Should unspecified optional strings be the empty string or NaN?

Đang mở
#25 4 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
4/5
Thời gian dự kiến
3-5 ngày
Mức phù hợp với người mới
35/100
Loại issue
Lỗi
Độ rõ ràng
Khá rõ ràng
Mức độ hoạt động
Đình trệ
Công nghệ
pandas, python
Lĩnh vực
data

Hướng nghiên cứu

Start by reviewing the PEtab optional string-column handling described in the issue and the affected entry point in AMICI's python/amici/plotting.py at line 81. Decide how unspecified values should be represented without confusing a literal 'nan' name, then verify the behavior across parsing and plotting integration.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

question

At the moment, there can be NaNs (after pd.read_csv) in optional PEtab string columns, such as observableNames, that, if interpreted as a string, are converted to the string literal 'nan'.

>>> import numpy as np
>>> str(np.nan)
'nan'

An issue can occur in the AMICI plotting functions. This issue can be fixed by replacing

elif model.getObservableNames()[iy] != '':

with

elif model.getObservableNames()[iy] in ['', 'nan']:

to correctly identify unspecified observable names. However, testing for the string 'nan' seems unintuitive, and this fix might cause another issue if an observable is named 'nan'.

Here's a solution, which could be implemented in PEtab, and might resolve the issue in AMICI.

$ cat test_str.csv
observableId    observableName
a_id    a_name
b_id    

>>> import pandas as pd
>>> df1 = pd.read_csv('test_str.csv', sep='\t')
>>> df2 = pd.read_csv('test_str.csv', sep='\t')
>>> df2['observableName'] = df2['observableName'].fillna('')
>>> df1
  observableId observableName
0         a_id         a_name
1         b_id            NaN
>>> df2
  observableId observableName
0         a_id         a_name
1         b_id
Ngôn ngữ chính
Python
Star
18
Fork
9
Không có pull request nào được merge trong 30 ngày

Hướng dẫn đóng góp

Mở hướng dẫn đóng góp

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của PEtab-dev/libpetab-python

Tất cả issue của PEtab-dev/libpetab-python

Issue tương tự

Thêm issue về Python

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.