scverse / scverse/spatialdata-plot

Outline color palette is ignored in `render_shapes` if no color is passed

Đang mở
#777 0 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

bug
Ngôn ngữ chính
Python
Star
86
Fork
21
Merge trung bình
14 giờ 50 phút
Pull request đã merge (30 ngày)
3

Mô tả

Report

When coloring shapes by a categorical column using only outline_color= (with fill_alpha=0), the palette dict is silently ignored and matplotlib's default tab10 colors are used instead. Passing the same column/palette via color= works correctly.

Environment: spatialdata 0.8.0, spatialdata-plot 0.4.2
Expected: outline_color= should resolve palette the same way color= does.
Workaround: pass the column to both color= and outline_color= (keeping fill_alpha=0).

import matplotlib
matplotlib.use("Agg")
import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np
import pandas as pd
import anndata as ad
import spatialdata as sd
import spatialdata_plot
from spatialdata.models import TableModel

sdata = sd.datasets.blobs()
shapes_key = "blobs_polygons"  # not annotated by the default blobs table
n = sdata[shapes_key].shape[0]

palette = {
    "EL": "#cba02c", "ES": "#ebc84f", "RL": "#0272b2", "RM": "#5799d1", "RS": "#9dcbec",
}
labels = pd.Categorical(list(palette.keys())[:n], categories=list(palette.keys()))

# Table annotating blobs_polygons with our categorical color column
obs = pd.DataFrame({"instance_id": np.arange(n), "region": pd.Categorical(["blobs_polygons"] * n)})
obs.index = obs.index.astype(str)
table = TableModel.parse(
    ad.AnnData(X=np.zeros((n, 1)), obs=obs),
    region=["blobs_polygons"], region_key="region", instance_key="instance_id",
)
sdata.tables["t"] = table
sdata["t"].obs["celltype"] = labels

# Works: palette correctly maps to fill colors
fig, ax = plt.subplots()
sdata.pl.render_shapes(shapes_key, color="celltype", palette=palette, table_name="t").pl.show(ax=ax)
fig.savefig("color_works.png", dpi=100)

# Bug: palette is ignored, falls back to default tab10 colors
fig, ax = plt.subplots()
sdata.pl.render_shapes(
    shapes_key, outline_color="celltype", palette=palette, fill_alpha=0,
    outline_width=1.5, table_name="t",
).pl.show(ax=ax)
fig.savefig("outline_color_bug.png", dpi=100)
Image Image
Versions

Hướng dẫn đóng góp

Mở hướng dẫn đóng góp

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Hướng nghiên cứu

Bắt đầu tại điểm vào render_shapes và chạy bản tái hiện được cung cấp, so sánh color= với outline_color= và fill_alpha=0. Theo dõi cách mỗi đối số phân giải bảng màu phân loại; hoàn tất khi outline_color= sử dụng bảng màu được cung cấp thay vì các màu tab10 mặc định, trong khi hành vi hiện có của color= vẫn không thay đổi.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Đánh giá

Công nghệ
python
Lĩnh vực
data-visualization
Loại issue
Lỗi
Độ khó
3/5
Thời gian dự kiến
1-2 ngày
Mức độ hoạt động
Sôi nổi
Độ rõ ràng
Khá rõ ràng
Mức phù hợp với người mới
68/100

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.