scverse / scverse/spatialdata-plot

Outline color palette is ignored in `render_shapes` if no color is passed

未关闭
#777 0 条评论 0 个 reaction 已指派 0 人 在 GitHub 查看

还没有人认领这个 Issue。

bug
主要语言
Python
星标
86
派生
21
平均合并
14 小时 50 分钟
30 天内合并 PR
3

描述

Report

When coloring shapes by a categorical column using only outline_color= (with fill_alpha=0), the palette dict is silently ignored and matplotlib's default tab10 colors are used instead. Passing the same column/palette via color= works correctly.

Environment: spatialdata 0.8.0, spatialdata-plot 0.4.2
Expected: outline_color= should resolve palette the same way color= does.
Workaround: pass the column to both color= and outline_color= (keeping fill_alpha=0).

import matplotlib
matplotlib.use("Agg")
import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np
import pandas as pd
import anndata as ad
import spatialdata as sd
import spatialdata_plot
from spatialdata.models import TableModel

sdata = sd.datasets.blobs()
shapes_key = "blobs_polygons"  # not annotated by the default blobs table
n = sdata[shapes_key].shape[0]

palette = {
    "EL": "#cba02c", "ES": "#ebc84f", "RL": "#0272b2", "RM": "#5799d1", "RS": "#9dcbec",
}
labels = pd.Categorical(list(palette.keys())[:n], categories=list(palette.keys()))

# Table annotating blobs_polygons with our categorical color column
obs = pd.DataFrame({"instance_id": np.arange(n), "region": pd.Categorical(["blobs_polygons"] * n)})
obs.index = obs.index.astype(str)
table = TableModel.parse(
    ad.AnnData(X=np.zeros((n, 1)), obs=obs),
    region=["blobs_polygons"], region_key="region", instance_key="instance_id",
)
sdata.tables["t"] = table
sdata["t"].obs["celltype"] = labels

# Works: palette correctly maps to fill colors
fig, ax = plt.subplots()
sdata.pl.render_shapes(shapes_key, color="celltype", palette=palette, table_name="t").pl.show(ax=ax)
fig.savefig("color_works.png", dpi=100)

# Bug: palette is ignored, falls back to default tab10 colors
fig, ax = plt.subplots()
sdata.pl.render_shapes(
    shapes_key, outline_color="celltype", palette=palette, fill_alpha=0,
    outline_width=1.5, table_name="t",
).pl.show(ax=ax)
fig.savefig("outline_color_bug.png", dpi=100)
Image Image
Versions

贡献指南

打开贡献指南

从这里开始

  1. 先读完整个 Issue,再读项目的贡献指南。
  2. 在 Issue 下留言说明你要接手 —— 这能避免两个人做同样的事。
  3. Fork 仓库,在一个分支上完成修改。
  4. 提交 Pull Request,并在描述里引用这个 Issue 编号。

调研方向

从 render_shapes 入口点开始,运行提供的复现,比较 color= 与 outline_color= 和 fill_alpha=0。跟踪每个参数如何解析分类调色板;完成标准是 outline_color= 使用提供的调色板,而不是默认的 tab10 颜色,同时现有的 color= 行为保持不变。

由索引模型根据 Issue 内容生成。

评估

技术栈
python
领域
data-visualization
Issue 类型
缺陷
难度
3/5
预计耗时
1-2 天
活跃度
活跃
描述清晰度
基本清楚
新手友好度
68/100

把新 issue 发到你的邮箱

精选适合新手参与的 GitHub issue 摘要。