Q: How to render xenium morphology image with original colors?

Hello @LucaMarconato!

Thank you very much for this tool. I want to plot a part of morphology image acquired with xenium + multimodal segmentation kit. It is loaded into spatialdata and plotted without errors, but the colors are dim and they are different from what I'd expected (DAPI - #0F73E6, Boundary - #F300A5, Interior RNA - #A4A400, interior protein - #008A00, reference values from Xenium Explorer). I tried passing a list of colors like this:

crop = lambda sdata: spatialdata.bounding_box_query(
    sdata,
    min_coordinate=[17_500, 55_000],
    max_coordinate=[19_500, 57_000],
    axes=("x", "y"),
    target_coordinate_system="global",
)

crop(sdata).pl.render_images("morphology_focus", ["#0F73E6", "#F300A5", "#A4A400", "#008A00"]).pl.show(
    ax=axes[0], title="Morphology image", coordinate_systems="global"
)

The code does not produce an error, it works twice as long, and it results in the same image with colors unchanged.

The key question is how to adjust the colors and saturation of the plot, so that it looked closer to what I see in Xenium Explorer?

Secondary question is how to translate physical coordinates into spatialdata's global coordinate system? Am I supposed to get transformation and then apply transformation to a single or a couple points to get min and max for cropping above? I can make a separate issue with this question, if necessary.

Best,
Vasily

Bắt đầu với lời gọi render_images trên morphology_focus và theo dõi cách các đối số màu của nó ảnh hưởng đến hình ảnh được vẽ. So sánh các màu được hiển thị với các giá trị tham chiếu của Xenium Explorer, đồng thời kiểm tra riêng cách bounding_box_query sử dụng hệ tọa độ toàn cục cho các tọa độ vật lý được cung cấp. Hoàn thành khi hành vi màu sắc và phép chuyển đổi tọa độ được ghi lại hoặc sửa với một ví dụ có thể tái hiện.