pybind / pybind/python_example

Libopenblas issues in conda build when adding <pybind11/numpy.h> functionality on OSX

Đang mở
#66 6 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

Ngôn ngữ chính
Python
Star
530
Fork
150
Merge trung bình
8 ngày 2 giờ
Pull request đã merge (30 ngày)
1

Mô tả

If I clone this repo, it works great. If I add some simple pybind11/numpy functionality (passing a numpy array in and out), I run into trouble on OSX, when trying to build a conda package.

  • Doing a pip install in my conda env is fine; compiles, links, passes tests. Though I have not tried relocating the wheel to another env than the one it is built in, which I suspect might trigger the same problem.
  • The conda build works just fine on linux.
  • Obviously, I did add numpy to both my host and run requirements. But it cant find libopenblas when invoking the test. libopenblas and liblapack are in the test environment as you would expect, them being a numpy dependency.
  • Problem happens regardless of python version on OSX

Perhaps adding a little pybind/numpy to this example repo would be cool. Probably this is something simple that more seasoned OSX-linking-gurus can spot easily, but it eludes me after a few days of messing around with it.

Here is what the conda build tests have to say:

Hint: make sure your test modules/packages have valid Python names.
Traceback:
../_test_env_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_pl/lib/python3.8/importlib/__init__.py:127: in import_module
    return _bootstrap._gcd_import(name[level:], package, level)
tests/test_pyopcode.py:1: in <module>
    import numpy as np
../_test_env_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_pl/lib/python3.8/site-packages/numpy/__init__.py:142: in <module>
    from . import add_newdocs
../_test_env_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_pl/lib/python3.8/site-packages/numpy/add_newdocs.py:13: in <module>
    from numpy.lib import add_newdoc
../_test_env_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_pl/lib/python3.8/site-packages/numpy/lib/__init__.py:8: in <module>
    from .type_check import *
../_test_env_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_pl/lib/python3.8/site-packages/numpy/lib/type_check.py:11: in <module>
    import numpy.core.numeric as _nx
../_test_env_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_pl/lib/python3.8/site-packages/numpy/core/__init__.py:14: in <module>
    from . import multiarray
E   ImportError: dlopen($PREFIX/lib/python3.8/site-packages/numpy/core/multiarray.cpython-38-darwin.so, 2): Library not loaded: @rpath/libopenblas.dylib
E     Referenced from: $PREFIX/lib/python3.8/site-packages/numpy/core/multiarray.cpython-38-darwin.so
E     Reason: image not found

Hướng dẫn đóng góp

Chưa lập chỉ mục được hướng dẫn đóng góp cho kho mã nguồn này

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Hướng nghiên cứu

Bắt đầu bằng cách tái hiện lỗi conda-build trên OSX trong môi trường kiểm thử, sử dụng tests/test_pyopcode.py và lệnh import numpy trong đó làm điểm bắt đầu. Kiểm tra cách gói conda và môi trường kiểm thử cung cấp libopenblas, sau đó xác minh rằng numpy được import thành công và các bài kiểm thử hiện có đều chạy đạt trên OSX.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Đánh giá

Công nghệ
numpy, python
Lĩnh vực
build-system
Loại issue
Lỗi
Độ khó
4/5
Thời gian dự kiến
3-5 ngày
Mức độ hoạt động
Đình trệ
Độ rõ ràng
Cần làm rõ
Mức phù hợp với người mới
30/100

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.