plotly / plotly/plotly.py

[BUG] Data in `px.imshow` disappears at default zoom, reappears when zooming in with dense data

Đang mở
#5,209 0 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

bug P2
Ngôn ngữ chính
Python
Star
18.8k
Fork
2.8k
Merge trung bình
16 giờ 26 phút
Pull request đã merge (30 ngày)
21

Mô tả

Environment
Plotly Version: 6.1.2
Operating System: Windows 10 22H2 19045.5854 Windows Feature Experience Pack 1000.19061.1000.0
Browser: Chrome 137.0.7151.41

When trying to visualize dense binary time-series data (e.g., 10 channels over 4,000+ time points), both px.imshow and px.timeline fail to render the data correctly in the default, zoomed-out view. The areas that should contain data appear blank.

However, if you manually zoom into any region of the plot, the data correctly appears. Resetting the zoom causes the data to disappear again. This suggests the issue is not with the data itself, but with the rendering engine's handling of very thin graphical elements (heatmap cells or gantt bars) at a low zoom level.

Here is my origin data.
BAO_spikes_sorted_output.csv

Here is my html.(Please change the suffix to html)

BAO Spike Heatmap.txt

Here is my code.

def plot_binary_heatmap(csv_file="./data/down/combined_binary.csv", title="Binary Heatmap of Signals"):
    """
    Reads data from a combined binary CSV, processes filenames, and plots a heatmap.
    The x-axis represents time in seconds, and the y-axis represents file numbers in ascending order.
    """
    df = pd.read_csv(csv_file)

    # 1. Extract the time column (keep as float)
    if 'Time' in df.columns:
        time = df['Time'].astype(float)
        df = df.drop(columns=['Time'])
    elif 'time' in df.columns:
        time = df['time'].astype(float)
        df = df.drop(columns=['time'])
    else:
        # If no time column exists, create an index
        time = pd.Series(range(df.shape[0]))

    # 2. Transpose: each row is a file, each column is a time point
    df_t = df.T
    df_t.index.name = "File"

    # Update index, keep only the part before "_"
    df_t.index = df_t.index.to_series().str.split('_').str[0]

    # 3. Set time as column names (keep as float)
    df_t.columns = time

    z = df_t.to_numpy()
    y_labels = df_t.index.tolist()
    x_values = df_t.columns.to_numpy()

    # 4. Create the heatmap
    fig = px.imshow(
        z,
        labels=dict(x="Time (s)", y="Channel", color="Binary"),
        x=x_values,
        y=y_labels,
        color_continuous_scale=["#ffffff", "#000000"],
        aspect="auto",
        title=title
    )

    # 5. Update chart layout
    fig.update_layout(
        xaxis_title="Time (s)",
        yaxis_title="Channel",
        height=600,
        width=1000,
    )

    fig.write_html(f"{title}.html")

plot_binary_heatmap(csv_file="BAO_spikes_sorted_output.csv", title="BAO Spike Heatmap")

Hướng dẫn đóng góp

Mở hướng dẫn đóng góp

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Hướng nghiên cứu

Bắt đầu bằng cách tái hiện báo cáo với BAO_spikes_sorted_output.csv được đính kèm, ví dụ Python px.imshow được cung cấp và Plotly 6.1.2, đồng thời so sánh chế độ xem mặc định với chế độ xem đã phóng to. Được xem là hoàn tất khi dữ liệu heatmap nhị phân dày đặc vẫn hiển thị mà không cần phóng to thủ công và hành vi được xác minh dựa trên trường hợp được cung cấp.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Đánh giá

Công nghệ
plotly, python
Lĩnh vực
data-visualization
Loại issue
Lỗi
Độ khó
4/5
Thời gian dự kiến
3-5 ngày
Mức độ hoạt động
Đình trệ
Độ rõ ràng
Cần làm rõ
Mức phù hợp với người mới
35/100

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.