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[BUG] Data in `px.imshow` disappears at default zoom, reappears when zooming in with dense data

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bug P2
Lingua principale
Python
Stelle
18.8k
Fork
2.8k
Merge medio
16h 26m
PR unite (30g)
21

Descrizione

Environment
Plotly Version: 6.1.2
Operating System: Windows 10 22H2 19045.5854 Windows Feature Experience Pack 1000.19061.1000.0
Browser: Chrome 137.0.7151.41

When trying to visualize dense binary time-series data (e.g., 10 channels over 4,000+ time points), both px.imshow and px.timeline fail to render the data correctly in the default, zoomed-out view. The areas that should contain data appear blank.

However, if you manually zoom into any region of the plot, the data correctly appears. Resetting the zoom causes the data to disappear again. This suggests the issue is not with the data itself, but with the rendering engine's handling of very thin graphical elements (heatmap cells or gantt bars) at a low zoom level.

Here is my origin data.
BAO_spikes_sorted_output.csv

Here is my html.(Please change the suffix to html)

BAO Spike Heatmap.txt

Here is my code.

def plot_binary_heatmap(csv_file="./data/down/combined_binary.csv", title="Binary Heatmap of Signals"):
    """
    Reads data from a combined binary CSV, processes filenames, and plots a heatmap.
    The x-axis represents time in seconds, and the y-axis represents file numbers in ascending order.
    """
    df = pd.read_csv(csv_file)

    # 1. Extract the time column (keep as float)
    if 'Time' in df.columns:
        time = df['Time'].astype(float)
        df = df.drop(columns=['Time'])
    elif 'time' in df.columns:
        time = df['time'].astype(float)
        df = df.drop(columns=['time'])
    else:
        # If no time column exists, create an index
        time = pd.Series(range(df.shape[0]))

    # 2. Transpose: each row is a file, each column is a time point
    df_t = df.T
    df_t.index.name = "File"

    # Update index, keep only the part before "_"
    df_t.index = df_t.index.to_series().str.split('_').str[0]

    # 3. Set time as column names (keep as float)
    df_t.columns = time

    z = df_t.to_numpy()
    y_labels = df_t.index.tolist()
    x_values = df_t.columns.to_numpy()

    # 4. Create the heatmap
    fig = px.imshow(
        z,
        labels=dict(x="Time (s)", y="Channel", color="Binary"),
        x=x_values,
        y=y_labels,
        color_continuous_scale=["#ffffff", "#000000"],
        aspect="auto",
        title=title
    )

    # 5. Update chart layout
    fig.update_layout(
        xaxis_title="Time (s)",
        yaxis_title="Channel",
        height=600,
        width=1000,
    )

    fig.write_html(f"{title}.html")

plot_binary_heatmap(csv_file="BAO_spikes_sorted_output.csv", title="BAO Spike Heatmap")

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Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

Direzione di ricerca

Inizia riproducendo il report con il file allegato BAO_spikes_sorted_output.csv, l'esempio Python px.imshow fornito e Plotly 6.1.2, confrontando la visualizzazione predefinita con una visualizzazione ingrandita. Il lavoro è completato quando i dati densi della heatmap binaria rimangono visibili senza eseguire manualmente lo zoom e il comportamento è verificato rispetto al caso fornito.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Valutazione

Stack tecnologico
plotly, python
Ambito
data-visualization
Tipo di issue
Bug
Difficoltà
4/5
Tempo stimato
3-5 giorni
Stato di attività
Ferma
Chiarezza
Da chiarire
Idoneità per principianti
35/100

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