plotly / plotly/plotly.R

dynamicTicks = TRUE is incompatible with grouped geom_line

Đang mở
#2,462 0 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

Ngôn ngữ chính
R
Star
2.7k
Fork
641
Chỉ số merge pull request
Không có pull request nào được merge trong 30 ngày

Mô tả

Hi,

I am trying to make an interactive plot using crosstalk where the user selects a variable from a drop down menu and the plot updates to show only data for it.

library(ggplot2)
library(dplyr)
library(plotly)
library(crosstalk)

#### DATA

df <- rbind.data.frame(
  cbind.data.frame(
    gene = "geneA",
    patient = rep(c("patient_A", "patient_B"), each=2),
    time = rep(c("t1","t2"),times=2),
    value = c(1.25, 1.5, 2, 1.75)
  ),
  cbind.data.frame(
    gene = "geneB",
    patient = rep(c("patient_A", "patient_B"), each=2),
    time = rep(c("t1","t2"),times=2),
    value = c(1.25, 0.25, 3, 3.5)
  )
)

df$time <- factor(df$time)
df$gene <- factor(df$gene)
df$patient <- factor(df$patient)
df$gene_x_patient <- factor(paste0(df$gene,"_",df$patient))


#### HIGHLIGHT
df1 <-   highlight_key(df, ~gene, group="Gene name")

#### FILTER SELECT
filter_gene_1 <- filter_select("id_filter_counts", "Selected gene", df1, ~gene, multiple = FALSE)

#### FIGURE
p1 <- ggplot(df1, aes(x=time, y=value)) +
  geom_line(aes(group=interaction(patient,gene))) +
  geom_point(aes(shape=patient, fill=gene), size=5) +
  scale_shape_manual(values=c(21,25)) +
  guides(
        fill = guide_legend(
           override.aes = list(alpha=1, shape=21, size=5))  )

p1_highlight <- ggplotly(p1,
           # dynamicTicks = TRUE,
           width=600,
           height=450,
           tooltip = "text"
           )  %>%
    hide_guides() %>%
    config(displayModeBar = F) %>%
    layout( 
          xaxis = list(fixedrange = TRUE),
          yaxis = list(fixedrange = TRUE)
          ) %>%
  highlight(on = NULL, off=NULL)     

#### PRINT
bscols(
  filter_gene_1,
  p1_highlight,
  widths = c(8,6)
)

This generates a figure like this:

https://github.com/user-attachments/assets/149370ac-fe85-413d-bf6b-67d62b7f6272

If I remove the geom_line call, and uncomment dynamicTicks = TRUE, I get this:

https://github.com/user-attachments/assets/e6898855-8634-4d3b-a6ac-1a66cd4fcc76

However, if I use both geom_line and dynamicTicks = TRUE, then, the ggplotly call returns this error:

Error in ticktext[[which.min(abs(tickvals - val))]] :
attempt to select less than one element in get1index

I haven't seen this reported anywhere. I'd really like to use both options at once.

sessionInfo()
R version 4.4.0 (2024-04-24)
Platform: x86_64-apple-darwin20
Running under: macOS Monterey 12.7.6

Matrix products: default
BLAS: /System/Library/Frameworks/Accelerate.framework/Versions/A/Frameworks/vecLib.framework/Versions/A/libBLAS.dylib
LAPACK: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.4-x86_64/Resources/lib/libRlapack.dylib; LAPACK version 3.12.0

locale:
[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8

time zone: Europe/Madrid
tzcode source: internal

attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets methods base

other attached packages:
[1] crosstalk_1.2.1 plotly_4.11.0 dplyr_1.1.4 ggplot2_3.5.2

loaded via a namespace (and not attached):
[1] gtable_0.3.6 jsonlite_2.0.0 compiler_4.4.0
[4] promises_1.3.3 tidyselect_1.2.1 Rcpp_1.1.0
[7] dichromat_2.0-0.1 later_1.4.2 tidyr_1.3.1
[10] scales_1.4.0 yaml_2.3.10 fastmap_1.2.0
[13] mime_0.13 R6_2.6.1 labeling_0.4.3
[16] generics_0.1.4 knitr_1.50 htmlwidgets_1.6.4
[19] tibble_3.3.0 shiny_1.11.1 pillar_1.11.0
[22] RColorBrewer_1.1-3 rlang_1.1.6 httpuv_1.6.16
[25] xfun_0.52 lazyeval_0.2.2 viridisLite_0.4.2
[28] cli_3.6.5 withr_3.0.2 magrittr_2.0.3
[31] digest_0.6.37 grid_4.4.0 xtable_1.8-4
[34] rstudioapi_0.17.1 lifecycle_1.0.4 vctrs_0.6.5
[37] evaluate_1.0.4 glue_1.8.0 data.table_1.17.8
[40] farver_2.1.2 purrr_1.1.0 httr_1.4.7
[43] tools_4.4.0 pkgconfig_2.0.3 htmltools_0.5.8.1

Hướng dẫn đóng góp

Mở hướng dẫn đóng góp

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Hướng nghiên cứu

Điểm bắt đầu có thể tái lập là lệnh gọi ggplotly(p1, dynamicTicks = TRUE) trong ví dụ được cung cấp, với geom_line được nhóm theo interaction(patient, gene); hãy bắt đầu bằng cách cô lập tổ hợp này. Được xem là hoàn tất khi lệnh gọi chạy xong mà không gặp lỗi lập chỉ mục ticktext đã báo cáo, đồng thời vẫn giữ được cả hai đường đã nhóm và các tick động.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Đánh giá

Công nghệ
r
Lĩnh vực
data-visualization
Loại issue
Lỗi
Độ khó
4/5
Thời gian dự kiến
3-5 ngày
Mức độ hoạt động
Đình trệ
Độ rõ ràng
Khá rõ ràng
Mức phù hợp với người mới
35/100

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.