plotly / plotly/plotly.R

dynamicTicks = TRUE is incompatible with grouped geom_line

Ouverte
#2,462 0 commentaires 0 réactions 0 personnes assignées Voir sur GitHub

Personne n'a encore pris cette issue.

Langage dominant
R
Étoiles
2.7k
Forks
641
Métriques de merge des PR
Aucune PR mergée en 30 j

Description

Hi,

I am trying to make an interactive plot using crosstalk where the user selects a variable from a drop down menu and the plot updates to show only data for it.

library(ggplot2)
library(dplyr)
library(plotly)
library(crosstalk)

#### DATA

df <- rbind.data.frame(
  cbind.data.frame(
    gene = "geneA",
    patient = rep(c("patient_A", "patient_B"), each=2),
    time = rep(c("t1","t2"),times=2),
    value = c(1.25, 1.5, 2, 1.75)
  ),
  cbind.data.frame(
    gene = "geneB",
    patient = rep(c("patient_A", "patient_B"), each=2),
    time = rep(c("t1","t2"),times=2),
    value = c(1.25, 0.25, 3, 3.5)
  )
)

df$time <- factor(df$time)
df$gene <- factor(df$gene)
df$patient <- factor(df$patient)
df$gene_x_patient <- factor(paste0(df$gene,"_",df$patient))


#### HIGHLIGHT
df1 <-   highlight_key(df, ~gene, group="Gene name")

#### FILTER SELECT
filter_gene_1 <- filter_select("id_filter_counts", "Selected gene", df1, ~gene, multiple = FALSE)

#### FIGURE
p1 <- ggplot(df1, aes(x=time, y=value)) +
  geom_line(aes(group=interaction(patient,gene))) +
  geom_point(aes(shape=patient, fill=gene), size=5) +
  scale_shape_manual(values=c(21,25)) +
  guides(
        fill = guide_legend(
           override.aes = list(alpha=1, shape=21, size=5))  )

p1_highlight <- ggplotly(p1,
           # dynamicTicks = TRUE,
           width=600,
           height=450,
           tooltip = "text"
           )  %>%
    hide_guides() %>%
    config(displayModeBar = F) %>%
    layout( 
          xaxis = list(fixedrange = TRUE),
          yaxis = list(fixedrange = TRUE)
          ) %>%
  highlight(on = NULL, off=NULL)     

#### PRINT
bscols(
  filter_gene_1,
  p1_highlight,
  widths = c(8,6)
)

This generates a figure like this:

https://github.com/user-attachments/assets/149370ac-fe85-413d-bf6b-67d62b7f6272

If I remove the geom_line call, and uncomment dynamicTicks = TRUE, I get this:

https://github.com/user-attachments/assets/e6898855-8634-4d3b-a6ac-1a66cd4fcc76

However, if I use both geom_line and dynamicTicks = TRUE, then, the ggplotly call returns this error:

Error in ticktext[[which.min(abs(tickvals - val))]] :
attempt to select less than one element in get1index

I haven't seen this reported anywhere. I'd really like to use both options at once.

sessionInfo()
R version 4.4.0 (2024-04-24)
Platform: x86_64-apple-darwin20
Running under: macOS Monterey 12.7.6

Matrix products: default
BLAS: /System/Library/Frameworks/Accelerate.framework/Versions/A/Frameworks/vecLib.framework/Versions/A/libBLAS.dylib
LAPACK: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.4-x86_64/Resources/lib/libRlapack.dylib; LAPACK version 3.12.0

locale:
[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8

time zone: Europe/Madrid
tzcode source: internal

attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets methods base

other attached packages:
[1] crosstalk_1.2.1 plotly_4.11.0 dplyr_1.1.4 ggplot2_3.5.2

loaded via a namespace (and not attached):
[1] gtable_0.3.6 jsonlite_2.0.0 compiler_4.4.0
[4] promises_1.3.3 tidyselect_1.2.1 Rcpp_1.1.0
[7] dichromat_2.0-0.1 later_1.4.2 tidyr_1.3.1
[10] scales_1.4.0 yaml_2.3.10 fastmap_1.2.0
[13] mime_0.13 R6_2.6.1 labeling_0.4.3
[16] generics_0.1.4 knitr_1.50 htmlwidgets_1.6.4
[19] tibble_3.3.0 shiny_1.11.1 pillar_1.11.0
[22] RColorBrewer_1.1-3 rlang_1.1.6 httpuv_1.6.16
[25] xfun_0.52 lazyeval_0.2.2 viridisLite_0.4.2
[28] cli_3.6.5 withr_3.0.2 magrittr_2.0.3
[31] digest_0.6.37 grid_4.4.0 xtable_1.8-4
[34] rstudioapi_0.17.1 lifecycle_1.0.4 vctrs_0.6.5
[37] evaluate_1.0.4 glue_1.8.0 data.table_1.17.8
[40] farver_2.1.2 purrr_1.1.0 httr_1.4.7
[43] tools_4.4.0 pkgconfig_2.0.3 htmltools_0.5.8.1

Guide de contribution

Ouvrir le guide de contribution

Par où commencer

  1. Lisez l'issue en entier, puis le guide de contribution du projet.
  2. Signalez en commentaire que vous la prenez — cela évite que deux personnes fassent le même travail.
  3. Forkez le dépôt et travaillez sur une branche.
  4. Ouvrez une pull request qui référence le numéro de l'issue.

Piste de recherche

Le point d’entrée reproductible est l’appel ggplotly(p1, dynamicTicks = TRUE) dans l’exemple fourni, avec geom_line regroupé par interaction(patient, gene) ; commencez par isoler cette combinaison. C’est terminé lorsque l’appel s’exécute sans l’erreur d’indexation de ticktext signalée, tout en conservant les deux lignes regroupées et les ticks dynamiques.

Rédigé par le modèle d'indexation à partir du texte de l'issue.

Évaluation

Stack technique
r
Domaine
data-visualization
Type d'issue
Bug
Difficulté
4/5
Temps estimé
3-5 jours
Activité
À l'abandon
Clarté
Plutôt claire
Accessibilité débutants
35/100

Recevez les nouvelles issues par e-mail

Un résumé court des issues GitHub adaptées aux débutants.