adding points to a surface reverses x and y axis

In trying to replicate some 3D marginal plots of a model, I notice that plot_ly swaps axes when adding points.

When using persp, I get a figure which I consider correct. meshout changes with size, but not distance.

but when mapping size and distance to x and y respectively, axes appear to be switched.

When manually switching them, plot appears fine.

Is this something you guys can look into? Below is a fully working example.

library(plotly)
library(ggplot2)
library(reshape2)
library(rgl)

N <- 50
B0 <-  1.2
B1 <-  1.5
B2 <- -0.5

set.seed(357)
count <- rpois(N, 10)

distance <- seq(-0.5, 0.5,,length(count))
size <- (log(count) - B0 - B2 * distance) / B1
xy <- data.frame(count, size, distance)

mdl <- glm(count ~ size * distance, family = poisson(link = log), data = xy)
summary(mdl)

ggplot(xy, aes(x = size, y = count, color = distance)) +
  geom_point()

npts <- 50
s.size <- seq(from = min(xy$size), to = max(xy$size), length.out = npts)
s.dist <- seq(from = min(xy$distance), to = max(xy$distance), length.out = npts)
mesh <- expand.grid(
  size = s.size,
  distance = s.dist
)
mesh$count <- predict(mdl, newdata = mesh, type = "response")
head(mesh)

meshout <- as.matrix(
  dcast(mesh, formula = size ~ distance, value.var = "count")[, -1]
)

pmat <- persp(x = s.size, y = s.dist, z = meshout, # size and distance mapped OK
      theta = 0, phi = 30,
      col = "grey90", border = "grey50")
points(trans3d(x = xy$size, y = xy$dist, z = xy$count, pmat = pmat))

plot3d(x = xy$size, y = xy$distance, z = xy$count) # check, distance and size are plotted correctly
# https://stackoverflow.com/questions/5468280/scale-a-series-between-two-points#comment49916403_5468527
range02 <- function(x, newMin, newMax){ (x - min(x))/(max(x)-min(x)) * (newMax - newMin) + newMin }

xy$scaled_size <- range02(xy$size, newMin = 0, newMax = 50)
xy$scaled_distance <- range02(xy$distance, newMin = 0, newMax = 50)

# size and distance swapped
plot_ly(z = ~ meshout) %>% 
  add_surface(name = "Incorrect mapping of x and y") %>%
  add_markers(data = xy, x = ~scaled_size, y = ~scaled_distance, z = ~count,
              marker = list(size = 5, color = "black"), name = "Incorrect mapping of x and y") 

# when switching mapping of x and y, plots fine
plot_ly(z = ~ meshout) %>% 
  add_surface(name = "Incorrect mapping of x and y") %>%
  add_markers(data = xy, x = ~scaled_distance, y = ~scaled_size, z = ~count,
              marker = list(size = 5, color = "black"), name = "Incorrect mapping of x and y")

Bắt đầu với ví dụ R có thể tái hiện sử dụng plot_ly(), add_surface() và add_markers(), rồi so sánh ánh xạ trục của nó với persp() và plot3d(). Theo dõi cách các tọa độ bề mặt được thiết lập tương ứng với các giá trị x và y của marker; được xem là hoàn tất khi bề mặt và các điểm được thêm vào sử dụng cùng các trục kích thước và khoảng cách mà không cần hoán đổi chúng thủ công.