mne-tools / mne-tools/mne-python

support negative times for CTF files

Đang mở
#9,653 3 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

BUG
Ngôn ngữ chính
Python
Star
3.5k
Fork
1.6k
Merge trung bình
1 ngày 6 giờ
Pull request đã merge (30 ngày)
100

Mô tả

So I didn't know this but it seems like CTF has the ability to start its recordings with negative times by using a sync trigger and asking the scanner to include a baseline period.

Other packages Brainstorm (and presumably fieldtrip) respect this field and adjust their time arrays accordingly.

MNE reads in the required field
https://github.com/mne-tools/mne-python/blob/855edbf48835bcee80e773eb7047d0a4caa14a1c/mne/io/ctf/res4.py#L126

and adjusts annotations and bad_segments to account for it.
https://github.com/mne-tools/mne-python/blob/855edbf48835bcee80e773eb7047d0a4caa14a1c/mne/io/ctf/ctf.py#L147-L156

That MNE shifts other stuff and not the time array leads me to believe that MNE can't have negative time values in raw objects. Is that true?

This cropped up because I was doing some custom event marking for an experiment using mne and the resulting events were read into brainstorm and were all shifted by 1 second. In this particular case, I'm time shifting the events before I save them out, solving my immediate issue but it still seems a bit like a bug?

-Luke

Hướng dẫn đóng góp

Mở hướng dẫn đóng góp

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Hướng nghiên cứu

Bắt đầu với việc xử lý trường CTF trong mne/io/ctf/res4.py tại vị trí được liên kết, sau đó kiểm tra các điều chỉnh đối với annotation và bad_segments trong mne/io/ctf/ctf.py. Theo dõi cách khoảng thời gian baseline ảnh hưởng đến các giá trị thời gian của dữ liệu raw và việc căn chỉnh sự kiện. Hoàn thành khi các bản ghi CTF có thời gian bắt đầu âm vẫn duy trì được các mảng thời gian, annotation, bad_segments và sự kiện nhất quán.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Đánh giá

Công nghệ
python
Lĩnh vực
data
Loại issue
Lỗi
Độ khó
4/5
Thời gian dự kiến
3-5 ngày
Mức độ hoạt động
Đình trệ
Độ rõ ràng
Khá rõ ràng
Mức phù hợp với người mới
42/100

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.