mne-tools / mne-tools/mne-python
support negative times for CTF files
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- Lingua principale
- Python
- Stelle
- 3.5k
- Fork
- 1.6k
- Merge medio
- 1g 6h
- PR unite (30g)
- 100
Descrizione
So I didn't know this but it seems like CTF has the ability to start its recordings with negative times by using a sync trigger and asking the scanner to include a baseline period.
Other packages Brainstorm (and presumably fieldtrip) respect this field and adjust their time arrays accordingly.
MNE reads in the required field
https://github.com/mne-tools/mne-python/blob/855edbf48835bcee80e773eb7047d0a4caa14a1c/mne/io/ctf/res4.py#L126
and adjusts annotations and bad_segments to account for it.
https://github.com/mne-tools/mne-python/blob/855edbf48835bcee80e773eb7047d0a4caa14a1c/mne/io/ctf/ctf.py#L147-L156
That MNE shifts other stuff and not the time array leads me to believe that MNE can't have negative time values in raw objects. Is that true?
This cropped up because I was doing some custom event marking for an experiment using mne and the resulting events were read into brainstorm and were all shifted by 1 second. In this particular case, I'm time shifting the events before I save them out, solving my immediate issue but it still seems a bit like a bug?
-Luke
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Come iniziare
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Direzione di ricerca
Inizia dalla gestione del campo CTF in mne/io/ctf/res4.py nel punto collegato, quindi esamina gli aggiustamenti di annotations e bad_segments in mne/io/ctf/ctf.py. Traccia in che modo il periodo di baseline influisce sui valori temporali dei dati raw e sull’allineamento degli eventi. Il lavoro è completato quando le registrazioni CTF con tempi di inizio negativi mantengono array temporali, annotations, bad_segments ed eventi coerenti.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Valutazione
- Stack tecnologico
- python
- Ambito
- data
- Tipo di issue
- Bug
- Difficoltà
- 4/5
- Tempo stimato
- 3-5 giorni
- Stato di attività
- Ferma
- Chiarezza
- Abbastanza chiara
- Idoneità per principianti
- 42/100