allowJs option with namespaces

I am currently trying to put the compiler option "allowJs" to use. My goal is to convert an existing JavaScript application into TypeScript step by step. The application does not use (external) modules, so I'm converting the JavaScript namespaces into real TypeScript namespaces, but I'm running into "duplicate identifier" errors as outlined below. Shouldn't it be possible to combine TypeScript and JavaScript using the same namespace? Maybe I'm doing something wrong or this is not intended, but I expected this to work.

TypeScript Version: 1.8.10

Code
File 1:

namespace myapp {
    export var c1 = 5;
}

File 2:

var myapp;
(function (myapp) {
    myapp.c2 = 4;
})(myapp || (myapp = {}));

tsconfig.json

{
    "compilerOptions": {
        "allowJs": true,
        "outFile": "dist/appBundle.js"
    }
}

Expected behavior:
Bundling the compiled code of file 1 and the code of file 2 without modifications into a single JavaScript file.

Actual behavior:
The compilation is done, but the compiler throws an error: "error TS2300: Duplicate identifier 'myapp'."

Bắt đầu với hai tệp ví dụ và tsconfig.json được cung cấp bằng TypeScript 1.8.10, sau đó tái hiện lỗi TS2300 do mã định danh trùng lặp với allowJs, namespaces và outFile. Hoàn thành có nghĩa là mã namespace của TypeScript và JavaScript có thể được gói vào một tệp JavaScript duy nhất mà không sửa đổi JavaScript hoặc báo cáo mã định danh trùng lặp.