allowJs option with namespaces

I am currently trying to put the compiler option "allowJs" to use. My goal is to convert an existing JavaScript application into TypeScript step by step. The application does not use (external) modules, so I'm converting the JavaScript namespaces into real TypeScript namespaces, but I'm running into "duplicate identifier" errors as outlined below. Shouldn't it be possible to combine TypeScript and JavaScript using the same namespace? Maybe I'm doing something wrong or this is not intended, but I expected this to work.

TypeScript Version: 1.8.10

Code
File 1:

namespace myapp {
    export var c1 = 5;
}

File 2:

var myapp;
(function (myapp) {
    myapp.c2 = 4;
})(myapp || (myapp = {}));

tsconfig.json

{
    "compilerOptions": {
        "allowJs": true,
        "outFile": "dist/appBundle.js"
    }
}

Expected behavior:
Bundling the compiled code of file 1 and the code of file 2 without modifications into a single JavaScript file.

Actual behavior:
The compilation is done, but the compiler throws an error: "error TS2300: Duplicate identifier 'myapp'."

Beginne mit den beiden Beispieldateien und der bereitgestellten tsconfig.json unter Verwendung von TypeScript 1.8.10 und reproduziere dann den TS2300-Fehler wegen doppelter Bezeichner mit allowJs, namespaces und outFile. Als erledigt gilt, wenn der TypeScript- und der JavaScript-Code für namespaces ohne Änderung des JavaScript-Codes oder Meldung des doppelten Bezeichners in eine einzige JavaScript-Datei gebündelt werden kann.