make Commands.Stage(...) support git-like flags ('add -u')

Reproduction steps

Try to use libgit2sharp to stage only modified/updated files (git add -u)

Expected behavior

StageOptions-Property to control which change should be added to the tree

Actual behavior

Currently no such functionality. 'Add' and 'Modified' files are always added both.

Version of LibGit2Sharp (release number or SHA1)

0.26.2

Operating system(s) tested; .NET runtime tested

WIndows 10; net46 (net471)

Commands.Stage(...) エントリポイントから開始し、現在 StageOptions が追加対象の変更をどのように制御しているかを調査します。指定された LibGit2Sharp バージョンで報告された動作を再現し、完了条件を、新しく追加されたファイルを staging せずに git add -u と同等のオプションをサポートすることとして定義します。既存のテスト構造から適切な場所が特定できる場合は、その動作のカバレッジを追加または更新します。