Move chunking utilities from HDF5Array to DelayedArray?

オープン

#93 2021年5月1日に作成コメント 0 件リアクション 0 件担当者 0 名 GitHub で見る

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評価

難易度: 5/5
見積もり時間: 1週間以上
初心者へのやさしさ: 25/100

issue の種類: リファクタリング
明瞭さ: 説明が足りない
活発さ: 停滞
技術スタック: r
領域: data

調査の方向性

まず、HDF5Array 内の setHDF5DumpChunkLength、setHDF5DumpChunkShape、および関連する自動チャンク次元ヘルパーを見つけ、次に DelayedArray が再利用のために何を公開しているかを比較します。issue #89 を背景として、TileDBArray、DelayedRandomArray、SparseArray の提案された要件を確認します。これらのバックエンドをサポートする再利用可能なチャンク設計について合意できれば完了です。

索引モデルが issue の本文から書いたものです。

説明

Here I'm talking about setHDF5DumpChunkLength, setHDF5DumpChunkShape, and whatever extra functions are used to auto-choose "sensible" chunk dimensions for the HDF5 arrays. Can these be moved to DelayedArray for re-use by other backends? I would then be able to use this in TileDBArray and DelayedRandomArray, and I imagine there would also be some kind of re-use for SparseArray. In addition to making backend development easier, it could also improve efficiency by ensuring that interactions between different backends involve the same chunk dimensions. An obvious example is #89, where we could encourage consistency in chunks between the RandomNormMatrix and HDF5Matrix for optimal writing speed.

主要言語: R
スター: 29
フォーク: 12
PR マージ指標: 30日以内にマージされた PR はありません

コントリビューションガイド

このリポジトリのコントリビューションガイドは索引されていません

はじめの一歩

issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。

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