possble DelayedArray constructor over `IntegerList` (or other `List`)

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Valutazione

Difficoltà
5/5
Tempo stimato
Più di una settimana
Idoneità per principianti
25/100
Tipo di issue
Funzionalità
Chiarezza
Abbastanza chiara
Stato di attività
Ferma
Stack tecnologico
r
Ambito
data

Direzione di ricerca

Inizia dal costruttore di DelayedArray e riproduci l’esempio IntegerList dell’issue, confrontandolo con DelayedArray(array(XX)). Determina l’ambito necessario per il supporto diretto di List e verifica che lo slicing restituisca una IntegerList anziché una lista ordinaria.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

enhancement

Hi @hpages ,

In the VariantAnnotation package, the CollapsedVCF (or ExpandedVCF) are saving the data entries in IntegerList / CharacterList.... And in the development of VCFArray, we are trying to represent these data entries as DelayedArray instances. Now we are converting the data entries into array to add dimension, and then use the DelayedArray constructor over the array. Is it possible to have the DelayedArray constructor directly work on List object? so that the internal data saving are still using a more efficient way in List structure than the ordinary list? @mtmorgan

 > XX <- IntegerList(c(list(rep(NA, 2)), list(rep(NA, 2)), list(rep(NA, 2)), list(rep(NA, 2))))
 > XX
 IntegerList of length 4
 [[1]] <NA> <NA>
 [[2]] <NA> <NA>
 [[3]] <NA> <NA>
 [[4]] <NA> <NA>

 > DelayedArray(array(XX))
 <4> DelayedArray object of type "list":          ## the type is ordinary list. 
    [1]    [2]    [3]    [4]
 NA, NA NA, NA NA, NA NA, NA

!> DelayedArray(array(XX))[1:2]  
 [[1]]
 [1] NA NA

 [[2]]
 [1] NA NA

## What we want is something like: 

!> DelayedArray(XX)
 <4> DelayedArray object of type "IntegerList":      
    [1]    [2]    [3]    [4]
 NA, NA NA, NA NA, NA NA, NA

!> DelayedArray(XX)[1:2]  
 IntegerList of length 2
 [[1]] <NA> <NA>
 [[2]] <NA> <NA>
Lingua principale
R
Stelle
29
Fork
12
Metriche di merge delle PR
Nessuna PR unita negli ultimi 30g

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