possble DelayedArray constructor over `IntegerList` (or other `List`)

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Evaluación

Dificultad
5/5
Tiempo estimado
Más de una semana
Aptitud para principiantes
25/100
Tipo de issue
Nueva funcionalidad
Claridad
Bastante claro
Estado de actividad
Estancado
Stack tecnológico
r
Área
data

Línea de trabajo

Comienza en el constructor de DelayedArray y reproduce el ejemplo de IntegerList del issue, comparándolo con DelayedArray(array(XX)). Determina el alcance necesario para admitir List directamente y verifica que el slicing devuelve una IntegerList en lugar de una lista ordinaria.

Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.

Descripción

enhancement

Hi @hpages ,

In the VariantAnnotation package, the CollapsedVCF (or ExpandedVCF) are saving the data entries in IntegerList / CharacterList.... And in the development of VCFArray, we are trying to represent these data entries as DelayedArray instances. Now we are converting the data entries into array to add dimension, and then use the DelayedArray constructor over the array. Is it possible to have the DelayedArray constructor directly work on List object? so that the internal data saving are still using a more efficient way in List structure than the ordinary list? @mtmorgan

 > XX <- IntegerList(c(list(rep(NA, 2)), list(rep(NA, 2)), list(rep(NA, 2)), list(rep(NA, 2))))
 > XX
 IntegerList of length 4
 [[1]] <NA> <NA>
 [[2]] <NA> <NA>
 [[3]] <NA> <NA>
 [[4]] <NA> <NA>

 > DelayedArray(array(XX))
 <4> DelayedArray object of type "list":          ## the type is ordinary list. 
    [1]    [2]    [3]    [4]
 NA, NA NA, NA NA, NA NA, NA

!> DelayedArray(array(XX))[1:2]  
 [[1]]
 [1] NA NA

 [[2]]
 [1] NA NA

## What we want is something like: 

!> DelayedArray(XX)
 <4> DelayedArray object of type "IntegerList":      
    [1]    [2]    [3]    [4]
 NA, NA NA, NA NA, NA NA, NA

!> DelayedArray(XX)[1:2]  
 IntegerList of length 2
 [[1]] <NA> <NA>
 [[2]] <NA> <NA>
Lenguaje dominante
R
Estrellas
29
Forks
12
Sin PR fusionados en 30 d

Guía de contribución

No hay ninguna guía de contribución indexada para este repositorio

Primeros pasos

  1. Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
  2. Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
  3. Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
  4. Abre un pull request que haga referencia al número del issue.

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