intermine / intermine/intermine-ws-python

Does python API support query with wildcard?

Đang mở
#76 0 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub
Ngôn ngữ chính
Python
Star
8
Fork
35
Chỉ số merge pull request
Không có pull request nào được merge trong 30 ngày

Mô tả

#### My code is like this:

from intermine.webservice import Service
service = Service("https://phytozome.jgi.doe.gov/phytomine/service")
query=service.new_query()
query.select("*")
_query.add_constraint("Gene","LOOKUP","AT5G67180")_

#### this code works fine. but if i wrote using wildcard,like,

_query.add_constraint("Gene","LOOKUP","*5G67180")_

#### the error comes up,

Traceback (most recent call last):
File "/Users/myang/Ananconda/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/intermine/results.py", line 640, in open
return urlopen(req)
File "/Users/myang/Ananconda/anaconda3/lib/python3.7/urllib/request.py", line 222, in urlopen
return opener.open(url, data, timeout)
File "/Users/myang/Ananconda/anaconda3/lib/python3.7/urllib/request.py", line 531, in open
response = meth(req, response)
File "/Users/myang/Ananconda/anaconda3/lib/python3.7/urllib/request.py", line 641, in http_response
'http', request, response, code, msg, hdrs)
File "/Users/myang/Ananconda/anaconda3/lib/python3.7/urllib/request.py", line 569, in error
return self._call_chain(*args)
File "/Users/myang/Ananconda/anaconda3/lib/python3.7/urllib/request.py", line 503, in _call_chain
result = func(*args)
File "/Users/myang/Ananconda/anaconda3/lib/python3.7/urllib/request.py", line 649, in http_error_default
raise HTTPError(req.full_url, code, msg, hdrs, fp)
urllib.error.HTTPError: HTTP Error 500: Internal Server Error

#### Could anyone help to fix it? thanks a lot.

Hướng dẫn đóng góp

Chưa lập chỉ mục được hướng dẫn đóng góp cho kho mã nguồn này

Hướng nghiên cứu

The request starts with Service.new_query() and add_constraint(); reproduce it against the listed Phytozome service and inspect intermine/results.py around line 640, where the HTTP request opens. Compare the wildcard and exact-value requests, then establish whether wildcard queries are supported; done means the behavior is handled without an HTTP 500 or clearly documented as unsupported.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Đánh giá

Công nghệ
python
Lĩnh vực
api
Loại issue
Lỗi
Độ khó
4/5
Thời gian dự kiến
3-5 ngày
Mức độ hoạt động
Đình trệ
Độ rõ ràng
Cần làm rõ
Mức phù hợp với người mới
30/100

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.