intermine / intermine/intermine-ws-python
Does python API support query with wildcard?
- Ngôn ngữ chính
- Python
- Star
- 8
- Fork
- 35
- Chỉ số merge pull request
- Không có pull request nào được merge trong 30 ngày
Mô tả
#### My code is like this:
from intermine.webservice import Service
service = Service("https://phytozome.jgi.doe.gov/phytomine/service")
query=service.new_query()
query.select("*")
_query.add_constraint("Gene","LOOKUP","AT5G67180")_
#### this code works fine. but if i wrote using wildcard,like,
_query.add_constraint("Gene","LOOKUP","*5G67180")_
#### the error comes up,
Traceback (most recent call last):
File "/Users/myang/Ananconda/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/intermine/results.py", line 640, in open
return urlopen(req)
File "/Users/myang/Ananconda/anaconda3/lib/python3.7/urllib/request.py", line 222, in urlopen
return opener.open(url, data, timeout)
File "/Users/myang/Ananconda/anaconda3/lib/python3.7/urllib/request.py", line 531, in open
response = meth(req, response)
File "/Users/myang/Ananconda/anaconda3/lib/python3.7/urllib/request.py", line 641, in http_response
'http', request, response, code, msg, hdrs)
File "/Users/myang/Ananconda/anaconda3/lib/python3.7/urllib/request.py", line 569, in error
return self._call_chain(*args)
File "/Users/myang/Ananconda/anaconda3/lib/python3.7/urllib/request.py", line 503, in _call_chain
result = func(*args)
File "/Users/myang/Ananconda/anaconda3/lib/python3.7/urllib/request.py", line 649, in http_error_default
raise HTTPError(req.full_url, code, msg, hdrs, fp)
urllib.error.HTTPError: HTTP Error 500: Internal Server Error
#### Could anyone help to fix it? thanks a lot.
Hướng dẫn đóng góp
Chưa lập chỉ mục được hướng dẫn đóng góp cho kho mã nguồn này
Hướng nghiên cứu
The request starts with Service.new_query() and add_constraint(); reproduce it against the listed Phytozome service and inspect intermine/results.py around line 640, where the HTTP request opens. Compare the wildcard and exact-value requests, then establish whether wildcard queries are supported; done means the behavior is handled without an HTTP 500 or clearly documented as unsupported.
Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.
Đánh giá
- Công nghệ
- python
- Lĩnh vực
- api
- Loại issue
- Lỗi
- Độ khó
- 4/5
- Thời gian dự kiến
- 3-5 ngày
- Mức độ hoạt động
- Đình trệ
- Độ rõ ràng
- Cần làm rõ
- Mức phù hợp với người mới
- 30/100