intermine / intermine/intermine-scripts
Human GFF script: specifies version in config so fails after every release
- Lingua principale
- PLpgSQL
- Stelle
- 2
- Fork
- 9
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Descrizione
```
Dec 05 10:30:01 [DEBUG ] Downloading ref_GRCh38.p12_top_level.gff3.gz (44.46M) from ftp.ncbi.nih.gov to /tmp/9cop5brVhi
```
Instead it should just download all `gff3.gz` files from that location.
Code is in [DataDownloader](https://github.com/intermine/intermine-scripts/tree/master/bio/DataDownloader)
File version number is set in [NCBIGff.pm](https://github.com/intermine/intermine-scripts/blob/master/bio/DataDownloader/lib/DataDownloader/Source/NCBIGff.pm#L13)
Guida per i contributori
Nessuna guida per i contributori indicizzata per questo repository
Direzione di ricerca
Start in bio/DataDownloader/lib/DataDownloader/Source/NCBIGff.pm, where the GFF version number is set, and review how DataDownloader selects files from NCBI. Done means the downloader retrieves all matching gff3.gz files from that location without requiring a release-specific version.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Valutazione
- Stack tecnologico
- perl
- Ambito
- bioinformatics
- Tipo di issue
- Bug
- Difficoltà
- 2/5
- Tempo stimato
- 1-3 ore
- Stato di attività
- Ferma
- Chiarezza
- Specificata chiaramente
- Idoneità per principianti
- 52/100