intermine / intermine/intermine-scripts
Human GFF script: specifies version in config so fails after every release
Offen
Dieses Issue hat noch niemand übernommen.
help wanted
- Vorherrschende Sprache
- PLpgSQL
- Sterne
- 2
- Forks
- 9
- PR-Merge-Kennzahlen
- Keine gemergten PRs in 30 T.
Beschreibung
Dec 05 10:30:01 [DEBUG ] Downloading ref_GRCh38.p12_top_level.gff3.gz (44.46M) from ftp.ncbi.nih.gov to /tmp/9cop5brVhi
Instead it should just download all gff3.gz files from that location.
Code is in DataDownloader
File version number is set in NCBIGff.pm
Beitragsleitfaden
Für dieses Repository ist kein Beitragsleitfaden indexiert
Erste Schritte
- Lies das ganze Issue und danach den Beitragsleitfaden des Projekts.
- Schreib ins Issue, dass du es übernimmst — das erspart doppelte Arbeit.
- Forke das Repository und arbeite in einem Branch.
- Öffne einen Pull Request, der die Issue-Nummer nennt.
Rechercherichtung
Beginnen Sie in bio/DataDownloader/lib/DataDownloader/Source/NCBIGff.pm, wo die GFF-Versionsnummer festgelegt wird, und überprüfen Sie, wie DataDownloader Dateien von NCBI auswählt. Die Aufgabe ist erledigt, wenn der Downloader alle passenden gff3.gz-Dateien von diesem Speicherort abruft, ohne eine releasespezifische Version zu benötigen.
Vom Indexierungsmodell aus dem Issue-Text verfasst.
Bewertung
- Tech-Stack
- perl
- Bereich
- bioinformatics
- Issue-Typ
- Bug
- Schwierigkeit
- 2/5
- Geschätzter Aufwand
- 1-3 Stunden
- Aktivitätsstatus
- Veraltet
- Klarheit
- Klar beschrieben
- Anfängerfreundlichkeit
- 52/100