intermine / intermine/intermine-scripts

Download script - NCBI fasta - delete rubbish files from download

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help wanted
Lingua principale
PLpgSQL
Stelle
2
Fork
9
Metriche di merge delle PR
Nessuna PR unita negli ultimi 30g

Descrizione

Here are the files we do not want:

```
rm hs_ref_GRCh38.p12_unlocalized.fa hs_ref_GRCh38.p12_unlocalized.mfa hs_ref_GRCh38.p12_unplaced.fa hs_ref_GRCh38.p12_unplaced.mfa
```
Here's the error:

```
Caused by: java.lang.RuntimeException: Couldn't find chromosome identifier ref|NT_187396.1| Homo sapiens unplaced genomic scaffold, GRCh38.p12 Primary Assembly HSCHRUN_RANDOM_100
at org.intermine.bio.dataconversion.NCBIFastaLoaderTask.getIdentifier(NCBIFastaLoaderTask.java:53)
at org.intermine.bio.dataconversion.FastaLoaderTask.processSequence(FastaLoaderTask.java:320)
at org.intermine.bio.dataconversion.FastaLoaderTask.processFile(FastaLoaderTask.java:240)
at org.intermine.task.FileDirectDataLoaderTask.process(FileDirectDataLoaderTask.java:50)
at org.intermine.bio.dataconversion.FastaLoaderTask.process(FastaLoaderTask.java:170)
at org.intermine.task.DirectDataLoaderTask.execute(DirectDataLoaderTask.java:168)
at org.intermine.bio.dataconversion.FastaLoaderTask.execute(FastaLoaderTask.java:215)
at org.apache.tools.ant.UnknownElement.execute(UnknownElement.java:293)
at org.apache.tools.ant.dispatch.DispatchUtils.execute(DispatchUtils.java:106)
... 38 more
```

We don't want unplaced features so delete these files on download.

Guida per i contributori

Nessuna guida per i contributori indicizzata per questo repository

Direzione di ricerca

Start by locating the NCBI FASTA download script referenced by this issue and inspect where the downloaded files are selected. Exclude the four listed unlocalized and unplaced files, then run the download and loading flow to confirm those files are absent and the reported chromosome-identifier error no longer occurs.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Valutazione

Stack tecnologico
java
Ambito
tooling
Tipo di issue
Bug
Difficoltà
2/5
Tempo stimato
1-3 ore
Stato di attività
Ferma
Chiarezza
Abbastanza chiara
Idoneità per principianti
38/100

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