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Download script - NCBI fasta - delete rubbish files from download

Offen
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help wanted
Vorherrschende Sprache
PLpgSQL
Sterne
2
Forks
9
PR-Merge-Kennzahlen
Keine gemergten PRs in 30 T.

Beschreibung

Here are the files we do not want:

```
rm hs_ref_GRCh38.p12_unlocalized.fa hs_ref_GRCh38.p12_unlocalized.mfa hs_ref_GRCh38.p12_unplaced.fa hs_ref_GRCh38.p12_unplaced.mfa
```
Here's the error:

```
Caused by: java.lang.RuntimeException: Couldn't find chromosome identifier ref|NT_187396.1| Homo sapiens unplaced genomic scaffold, GRCh38.p12 Primary Assembly HSCHRUN_RANDOM_100
at org.intermine.bio.dataconversion.NCBIFastaLoaderTask.getIdentifier(NCBIFastaLoaderTask.java:53)
at org.intermine.bio.dataconversion.FastaLoaderTask.processSequence(FastaLoaderTask.java:320)
at org.intermine.bio.dataconversion.FastaLoaderTask.processFile(FastaLoaderTask.java:240)
at org.intermine.task.FileDirectDataLoaderTask.process(FileDirectDataLoaderTask.java:50)
at org.intermine.bio.dataconversion.FastaLoaderTask.process(FastaLoaderTask.java:170)
at org.intermine.task.DirectDataLoaderTask.execute(DirectDataLoaderTask.java:168)
at org.intermine.bio.dataconversion.FastaLoaderTask.execute(FastaLoaderTask.java:215)
at org.apache.tools.ant.UnknownElement.execute(UnknownElement.java:293)
at org.apache.tools.ant.dispatch.DispatchUtils.execute(DispatchUtils.java:106)
... 38 more
```

We don't want unplaced features so delete these files on download.

Beitragsleitfaden

Für dieses Repository ist kein Beitragsleitfaden indexiert

Rechercherichtung

Beginne damit, das in diesem Issue referenzierte NCBI-FASTA-Downloadskript zu finden, und prüfe, wo die heruntergeladenen Dateien ausgewählt werden. Schließe die vier aufgeführten unlokalisierten und nicht platzierten Dateien aus und führe anschließend den Download- und Ladeablauf aus, um zu bestätigen, dass diese Dateien fehlen und der gemeldete Fehler bei der Chromosomenkennung nicht mehr auftritt.

Vom Indexierungsmodell aus dem Issue-Text verfasst.

Bewertung

Tech-Stack
java
Bereich
tooling
Issue-Typ
Bug
Schwierigkeit
2/5
Geschätzter Aufwand
1-3 Stunden
Aktivitätsstatus
Veraltet
Klarheit
Größtenteils klar
Anfängerfreundlichkeit
38/100

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