higlass / higlass/higlass-python
Support (inline) bedlike data
- Ngôn ngữ chính
- Python
- Star
- 66
- Fork
- 11
- Chỉ số merge pull request
- Không có pull request nào được merge trong 30 ngày
Mô tả
```
Bed-like data
-------------
If you have data representing intervals in a Python object, you can load it
directly into higlass using the `bedtiles` helper function:
.. image:: img/beditems.png
.. code-block:: python
from higlass.client import View, Track
from higlass.inline_tiles import bedtiles
import higlass
bed = [['chr1', 1000, 2000, 'item #1', '.', '+'],
['chr2', 3000, 3500, 'item #1', '.', '-']]
chroms = [['chr1', 2100], ['chr2', 4000]]
data = bedtiles(bed, chroms)
track = Track(track_type='bedlike', position='top',
height=50, data=data, options={"minusStrandColor": "red"})
d,s,v = higlass.display([[track]])
d
Note that this function loads all the data into the viewconf and does
not use a server. Do not use this function with more than ~3000 items of
data.
```
We haven't implemented an inline-tiles function, however this API should be easy to support.
Hướng dẫn đóng góp
Hướng nghiên cứu
Bắt đầu trong higlass/inline_tiles.py với helper bedtiles hiện có và xem lại cách dữ liệu của nó được truyền vào một Track bedlike. Hỗ trợ inline-tiles API cho dữ liệu Python bed-like được tài liệu hóa, sau đó xác minh rằng ví dụ với độ dài nhiễm sắc thể và màu của các mạch có thể được hiển thị mà không cần máy chủ.
Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.
Đánh giá
- Công nghệ
- python
- Lĩnh vực
- data-visualization
- Loại issue
- Tính năng
- Độ khó
- 2/5
- Thời gian dự kiến
- 1-3 giờ
- Mức độ hoạt động
- Đình trệ
- Độ rõ ràng
- Khá rõ ràng
- Mức phù hợp với người mới
- 52/100