higlass / higlass/higlass-python

Support (inline) bedlike data

Đang mở
#111 0 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub
Ngôn ngữ chính
Python
Star
66
Fork
11
Chỉ số merge pull request
Không có pull request nào được merge trong 30 ngày

Mô tả

```
Bed-like data
-------------

If you have data representing intervals in a Python object, you can load it
directly into higlass using the `bedtiles` helper function:

.. image:: img/beditems.png

.. code-block:: python

from higlass.client import View, Track
from higlass.inline_tiles import bedtiles
import higlass

bed = [['chr1', 1000, 2000, 'item #1', '.', '+'],
['chr2', 3000, 3500, 'item #1', '.', '-']]

chroms = [['chr1', 2100], ['chr2', 4000]]

data = bedtiles(bed, chroms)
track = Track(track_type='bedlike', position='top',
height=50, data=data, options={"minusStrandColor": "red"})

d,s,v = higlass.display([[track]])
d

Note that this function loads all the data into the viewconf and does
not use a server. Do not use this function with more than ~3000 items of
data.

```

We haven't implemented an inline-tiles function, however this API should be easy to support.

Hướng dẫn đóng góp

Mở hướng dẫn đóng góp

Hướng nghiên cứu

Bắt đầu trong higlass/inline_tiles.py với helper bedtiles hiện có và xem lại cách dữ liệu của nó được truyền vào một Track bedlike. Hỗ trợ inline-tiles API cho dữ liệu Python bed-like được tài liệu hóa, sau đó xác minh rằng ví dụ với độ dài nhiễm sắc thể và màu của các mạch có thể được hiển thị mà không cần máy chủ.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Đánh giá

Công nghệ
python
Lĩnh vực
data-visualization
Loại issue
Tính năng
Độ khó
2/5
Thời gian dự kiến
1-3 giờ
Mức độ hoạt động
Đình trệ
Độ rõ ràng
Khá rõ ràng
Mức phù hợp với người mới
52/100

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.