higlass / higlass/higlass-python

Support (inline) bedlike data

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Langage dominant
Python
Étoiles
66
Forks
11
Métriques de merge des PR
Aucune PR mergée en 30 j

Description

```
Bed-like data
-------------

If you have data representing intervals in a Python object, you can load it
directly into higlass using the `bedtiles` helper function:

.. image:: img/beditems.png

.. code-block:: python

from higlass.client import View, Track
from higlass.inline_tiles import bedtiles
import higlass

bed = [['chr1', 1000, 2000, 'item #1', '.', '+'],
['chr2', 3000, 3500, 'item #1', '.', '-']]

chroms = [['chr1', 2100], ['chr2', 4000]]

data = bedtiles(bed, chroms)
track = Track(track_type='bedlike', position='top',
height=50, data=data, options={"minusStrandColor": "red"})

d,s,v = higlass.display([[track]])
d

Note that this function loads all the data into the viewconf and does
not use a server. Do not use this function with more than ~3000 items of
data.

```

We haven't implemented an inline-tiles function, however this API should be easy to support.

Guide de contribution

Ouvrir le guide de contribution

Piste de recherche

Start in higlass/inline_tiles.py with the existing bedtiles helper and review how its data is passed to a bedlike Track. Support the inline-tiles API for the documented bed-like Python data, then verify that the sample with chromosome lengths and strand colors can be displayed without a server.

Rédigé par le modèle d'indexation à partir du texte de l'issue.

Évaluation

Stack technique
python
Domaine
data-visualization
Type d'issue
Fonctionnalité
Difficulté
2/5
Temps estimé
1-3 heures
Activité
À l'abandon
Clarté
Plutôt claire
Accessibilité débutants
52/100

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