higlass / higlass/higlass-python

Local BAM files

Đang mở
#110 1 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub
Ngôn ngữ chính
Python
Star
66
Fork
11
Chỉ số merge pull request
Không có pull request nào được merge trong 30 ngày

Mô tả

```

BAM Files
---------

View sequencing read mappings. First we must load the `higlass-pileup plugin track `_
as a ``hg.PluginTrack``:

.. code-block:: python

%%javascript

require(["https://unpkg.com/higlass-pileup/dist/higlass-pileup.min.js"],
function(hglib) {

});

And then we can view pileups:

.. code-block:: python

import higlass
from higlass.tilesets import Tileset, bam
from higlass.client import Track, View

filename = '../data/ont.10K.bam'
indexfile = '../data/ont.10K.bam.bai'

bam_ts = bam(filename, indexfile)

display, server, viewconf = higlass.display(
[View([
Track('top-axis', height=20),
Track(track_type="pileup",
position='top', tileset=bam_ts, height=50 )
], initialXDomain = [
0,
2000
])]
)
display

.. image:: img/jupyter-pileup-no-code.png

```

Usage of the BAM files is shown in the plugin documentation, but we don't currently support local files and would need to extend the server.

Hướng dẫn đóng góp

Mở hướng dẫn đóng góp

Hướng nghiên cứu

Read the higlass-pileup plugin documentation and compare its BAM example with the Python `bam(filename, indexfile)` usage shown here. Then trace the server extension needed for local files; done means the local BAM and `.bai` example renders a pileup as shown.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Đánh giá

Công nghệ
jupyter-notebook, python
Lĩnh vực
backend, bioinformatics
Loại issue
Tính năng
Độ khó
4/5
Thời gian dự kiến
3-5 ngày
Mức độ hoạt động
Đình trệ
Độ rõ ràng
Khá rõ ràng
Mức phù hợp với người mới
35/100

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.