higlass / higlass/higlass-python
Local BAM files
- Ngôn ngữ chính
- Python
- Star
- 66
- Fork
- 11
- Chỉ số merge pull request
- Không có pull request nào được merge trong 30 ngày
Mô tả
```
BAM Files
---------
View sequencing read mappings. First we must load the `higlass-pileup plugin track `_
as a ``hg.PluginTrack``:
.. code-block:: python
%%javascript
require(["https://unpkg.com/higlass-pileup/dist/higlass-pileup.min.js"],
function(hglib) {
});
And then we can view pileups:
.. code-block:: python
import higlass
from higlass.tilesets import Tileset, bam
from higlass.client import Track, View
filename = '../data/ont.10K.bam'
indexfile = '../data/ont.10K.bam.bai'
bam_ts = bam(filename, indexfile)
display, server, viewconf = higlass.display(
[View([
Track('top-axis', height=20),
Track(track_type="pileup",
position='top', tileset=bam_ts, height=50 )
], initialXDomain = [
0,
2000
])]
)
display
.. image:: img/jupyter-pileup-no-code.png
```
Usage of the BAM files is shown in the plugin documentation, but we don't currently support local files and would need to extend the server.
Hướng dẫn đóng góp
Hướng nghiên cứu
Read the higlass-pileup plugin documentation and compare its BAM example with the Python `bam(filename, indexfile)` usage shown here. Then trace the server extension needed for local files; done means the local BAM and `.bai` example renders a pileup as shown.
Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.
Đánh giá
- Công nghệ
- jupyter-notebook, python
- Lĩnh vực
- backend, bioinformatics
- Loại issue
- Tính năng
- Độ khó
- 4/5
- Thời gian dự kiến
- 3-5 ngày
- Mức độ hoạt động
- Đình trệ
- Độ rõ ràng
- Khá rõ ràng
- Mức phù hợp với người mới
- 35/100