higlass / higlass/higlass-python

Local BAM files

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主要言語
Python
スター
66
フォーク
11
PR マージ指標
30日以内にマージされた PR はありません

説明

```

BAM Files
---------

View sequencing read mappings. First we must load the `higlass-pileup plugin track `_
as a ``hg.PluginTrack``:

.. code-block:: python

%%javascript

require(["https://unpkg.com/higlass-pileup/dist/higlass-pileup.min.js"],
function(hglib) {

});

And then we can view pileups:

.. code-block:: python

import higlass
from higlass.tilesets import Tileset, bam
from higlass.client import Track, View

filename = '../data/ont.10K.bam'
indexfile = '../data/ont.10K.bam.bai'

bam_ts = bam(filename, indexfile)

display, server, viewconf = higlass.display(
[View([
Track('top-axis', height=20),
Track(track_type="pileup",
position='top', tileset=bam_ts, height=50 )
], initialXDomain = [
0,
2000
])]
)
display

.. image:: img/jupyter-pileup-no-code.png

```

Usage of the BAM files is shown in the plugin documentation, but we don't currently support local files and would need to extend the server.

コントリビューションガイド

コントリビューションガイドを開く

調査の方向性

Read the higlass-pileup plugin documentation and compare its BAM example with the Python `bam(filename, indexfile)` usage shown here. Then trace the server extension needed for local files; done means the local BAM and `.bai` example renders a pileup as shown.

索引モデルが issue の本文から書いたものです。

評価

技術スタック
jupyter-notebook, python
領域
backend, bioinformatics
issue の種類
機能追加
難易度
4/5
見積もり時間
3〜5日
活発さ
停滞
明瞭さ
おおむね明確
初心者へのやさしさ
35/100

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