skillDirectories Does Not Take Effect at Repo Level

### Describe the feature or problem you'd like to solve

Working with skills spread across multiple repos or in subdirectories of mono-repos are currently not possible to include without a lot of copying around and cleaning up.

### Proposed solution

Support `skillDirectories` setting both in `.github/copilot/settings.json` and `.github/copilot/settings.local.json` so that we can customise which skills are exposed based on the type of work, the sub-path in a mono-repo and when working across multiple repos. All three scenarios are fairly common in a medium to large enterprise.

### Example prompts or workflows

Let's say I'm working on a frontend-repo and I notice that the backend is not adhering to the contract. I'd like from my frontend-repo to invoke the following skill that lives in backend-repo:
`/investigate-backlog to see if there's a bug on data path of controller Foo where it returns a string instead of a guid`

It wouldn't make sense for me to have it in my user settings since it's dependent upon the type of work I'm doing and the repo I'm currently using. If I duplicate the skill in frontend-repo's .github folder, then I can't be sure when backend folks update something on their end and I get outdated results.

### Additional context

A bit similar to the following issues but not the same IMO:
- #3688
- #3505

Bắt đầu bằng cách lần theo cách skillDirectories hiện được đọc từ cài đặt người dùng và cách cài đặt của repository được tải. So sánh hành vi của .github/copilot/settings.json và .github/copilot/settings.local.json, bao gồm các skill trong những repository khác và các thư mục con của monorepo. Hoàn thành khi cả hai tệp ở cấp repository đều có thể tùy chỉnh các thư mục skill được cung cấp mà không cần sao chép skill.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.