Agency plugin causes local .mcp.json to be ignored

### Short summary

If an agency plugin is configured with an .mcp.json, local .mcp.json config is ignored

### Affected version or release

v1.1.10

### Installation context

_No response_

### What happened?

I had an agency plugin installed at the global scope which contained a .mcp.json configuration. After that, a new session in a repo with a local .mcp.json file was unable to load the mcp servers defined in the local file.

Removing the agency plugin returned the behavior to the expected.

### Steps to reproduce

_No response_

### Expected behavior

_No response_

### Additional context

_No response_

Bắt đầu bằng cách tái hiện sự cố với một plugin agency toàn cục chứa .mcp.json và một repository có .mcp.json cục bộ riêng. Theo dõi cách hai cấu hình được phát hiện và tải. Công việc được xem là hoàn tất khi các máy chủ MCP cục bộ được tải như mong đợi khi plugin agency hiện diện, với một bài kiểm thử hồi quy bao quát cả hai tệp.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.