Agency plugin causes local .mcp.json to be ignored

### Short summary

If an agency plugin is configured with an .mcp.json, local .mcp.json config is ignored

### Affected version or release

v1.1.10

### Installation context

_No response_

### What happened?

I had an agency plugin installed at the global scope which contained a .mcp.json configuration. After that, a new session in a repo with a local .mcp.json file was unable to load the mcp servers defined in the local file.

Removing the agency plugin returned the behavior to the expected.

### Steps to reproduce

_No response_

### Expected behavior

_No response_

### Additional context

_No response_

Commencez par reproduire le problème avec un plugin d’agence global contenant .mcp.json et un dépôt avec son propre .mcp.json local. Suivez la façon dont les deux configurations sont découvertes et chargées. Le travail est terminé lorsque les serveurs MCP locaux se chargent comme prévu en présence du plugin d’agence, avec un test de régression couvrant les deux fichiers.

Rédigé par le modèle d'indexation à partir du texte de l'issue.