Propietario

samtools

7 repositorios indexados · Ver en GitHub

samtools
Tools (written in C using htslib) for manipulating next-generation sequencing data

C · 1956 estrellas
htslib
C library for high-throughput sequencing data formats

C · 950 estrellas
bcftools
This is the official development repository for BCFtools. See installation instructions and other documentation here http://samtools.gith...

C · 891 estrellas
hts-specs
Specifications of SAM/BAM and related high-throughput sequencing file formats

TeX · 713 estrellas
htsjdk
A Java API for high-throughput sequencing data (HTS) formats.

Java · 303 estrellas
htscodecs
Custom compression for CRAM and others.

C · 40 estrellas
www.htslib.org
The http://www.htslib.org/ web site

HTML · 9 estrellas

Para principiantes Todo

Abierto Todos

[Bug]hts_getline() aborts on a bzip2-compressed input: hts_detect_format() classifies BZh-prefixed data as bzip2_compression, but the line reader only handles no_compression/gzip/bgzf and hits default: abort() (CWE-617) Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 74/100

samtools/htslib#2091 · Abierto el 15/9/2026
[Bug]Signed integer overflow in bcf_get_version() on the VCF header path: the version string ##fileformat=VCFv4.<huge> drives ver += tmp * 1000 past LONG_MAX (UBSan trap @ vcf.c:186, CWE-190) Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 76/100

samtools/htslib#2088 · 2 comentarios · Abierto el 15/9/2026
Add option to remove @SQ references when filtering to a target region with samtools view Abierto

samtools/samtools#2383 · 1 comentario · 1 asignado · Abierto el 15/9/2026
VCFv4.5/4.4 Specification Inaccuracy -- Genotype Fields [§1.6.2] Abierto

Dificultad 1/5 Menos de una hora Aptitud para principiantes 88/100

samtools/hts-specs#871 · 1 comentario · Abierto el 11/9/2026
VCFv4.5 Specification Typo -- Tandem Repeats [§5.7] Abierto

Dificultad 1/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 92/100

samtools/hts-specs#870 · 1 comentario · Abierto el 11/9/2026
VCFv4.5 Specification Inaccuracy -- Large Insertions (Circular) [§5.4.2] Abierto

Dificultad 1/5 Menos de una hora Aptitud para principiantes 88/100

samtools/hts-specs#869 · Abierto el 11/9/2026
Samtools markdup --move-umi-to-tag Abierto

samtools/samtools#2380 · 2 comentarios · 1 asignado · Abierto el 9/9/2026
stats: coverage distribution (COV, -t/-g target percentage) wraps around a fixed ring buffer for spliced alignments and drops counts on buffer reallocation Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 68/100

samtools/samtools#2378 · Abierto el 8/9/2026
Examples using Number=P and/or PSL/PSO/PSQ fields Abierto

vcf

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 72/100

samtools/hts-specs#868 · Abierto el 6/9/2026
Add option to `samtools markdup` to not consider strand orientation Abierto

samtools/samtools#2377 · 3 comentarios · 1 reacción · 1 asignado · Abierto el 4/9/2026
mpileup + Varscan2 issue samtools 1.24 Abierto

samtools/samtools#2375 · 1 comentario · 1 asignado · Abierto el 31/8/2026
samtools consensus uses so much memory it is unable to complete Abierto

samtools/samtools#2374 · 15 comentarios · 1 asignado · Abierto el 28/8/2026
cram: Clarify whether tag ID lists are separated or terminated Abierto

cram

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 70/100

samtools/hts-specs#867 · Abierto el 25/8/2026
Allow http QUERY method in htsget Abierto

htsget

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 72/100

samtools/hts-specs#866 · Abierto el 25/8/2026
The meaning of an "optional field" VCF and a clash with ##contig Abierto

vcf

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 45/100

samtools/hts-specs#865 · 2 comentarios · Abierto el 13/8/2026
Recommended practice "No alignments should be assigned mapping quality 255" is ambiguous Abierto

sam

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 55/100

samtools/hts-specs#864 · 2 comentarios · Abierto el 11/8/2026
Fix or ignore "Tag Type in wrong order" Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100

samtools/htsjdk#1796 · Abierto el 11/8/2026
EVENTTYPE can be different for records with the same EVENT Abierto

vcf

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

samtools/hts-specs#863 · Abierto el 10/8/2026
[merge] fix primary alignment flag Abierto

samtools/samtools#2359 · 9 comentarios · 1 asignado · Abierto el 5/8/2026
SamPairUtil.setMateInformationOnSupplementalAlignment copies TLEN from the mate primary instead of computing it Abierto

Dificultad 2/5 Medio día Aptitud para principiantes 82/100

samtools/htsjdk#1795 · Abierto el 31/7/2026
Error in VCF test files Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 55/100

samtools/hts-specs#860 · Abierto el 25/7/2026
Samtools checksum changes output between 1.23.1 and 1.24 Abierto

samtools/samtools#2354 · 6 comentarios · 1 asignado · Abierto el 24/7/2026
No const qualifiers using htscodecs API. Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

samtools/htscodecs#151 · 3 comentarios · Abierto el 6/7/2026
Issue in gff2gff.py script - does not generate the output file Abierto

needs-feedback

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 55/100

samtools/bcftools#2572 · 1 comentario · Abierto el 25/6/2026
rlen calculation in bcf/vcf Abierto

vcf

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100

samtools/hts-specs#857 · Abierto el 29/5/2026
CI testing for signed-off-by commits Abierto

samtools/htslib#2014 · 1 asignado · Abierto el 20/5/2026
Add optional progress output for long-running subcommands (mpileup, view, norm, index) Abierto

enhancement

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 45/100

samtools/bcftools#2559 · 3 comentarios · Abierto el 16/5/2026
Feature request : bcftools annotate and discordant chromosome notation Abierto

htslib-dependent P2: Desirable

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 48/100

samtools/bcftools#2549 · 1 comentario · Abierto el 7/5/2026
Feature request: use pedigree information for SNP calling Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 30/100

samtools/bcftools#2546 · 2 comentarios · Abierto el 28/4/2026
bcftools merge fills missing fields with "^@" instead of "." Abierto

needs-feedback requires-test-case

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 55/100

samtools/bcftools#2539 · 2 comentarios · 1 reacción · Abierto el 2/4/2026
ITF-8/LTF-8 spec text has typos, an incorrect prefix description, and lacks examples Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 65/100

samtools/hts-specs#855 · 4 comentarios · Abierto el 31/3/2026
Diff / patch like program for efficient storage of raw + processed data Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

samtools/samtools#2318 · 2 reacciones · Abierto el 26/3/2026
split-vep only prints first numerical value Abierto

requires-test-case

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 52/100

samtools/bcftools#2516 · 5 comentarios · Abierto el 23/3/2026
MIN_DP should be updated from DP not just other MIN_DP records. Production of a MIN_DP record when none are input. Abierto

requires-test-case

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 48/100

samtools/bcftools#2515 · 2 comentarios · Abierto el 22/3/2026
HTSJDK QUAL floating-point precision error from log10PError round-trip Abierto

bcf bug vcf

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100

samtools/htsjdk#1757 · Abierto el 20/3/2026
bcftools mpileup for a set of Illumina+HiFi reads Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 20/100

samtools/bcftools#2511 · 4 comentarios · Abierto el 12/3/2026
feature request: polyploid variant calling Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

samtools/bcftools#2508 · 11 reacciones · Abierto el 2/3/2026
bcftools annotate doesn't liftover fields from VCF with symbolic alleles if END in only one file. Abierto

requires-test-case

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 48/100

samtools/bcftools#2507 · 1 comentario · Abierto el 2/3/2026
Suggestion: populate INFO name in warning "INFO tag id=146" Abierto

samtools/htslib#1996 · 4 comentarios · 1 asignado · Abierto el 20/2/2026
cannot specify single read for casava fastq import Abierto

samtools/samtools#2307 · 1 comentario · 1 asignado · Abierto el 14/2/2026
Missing value for SVCLAIM in DEL/DUP in VCFv4.4: clarification and addition Abierto

vcf

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 30/100

samtools/hts-specs#849 · 1 comentario · Abierto el 19/1/2026
Is the set of `##ALT` top-level types in IDs *really* restricted to the 5 provided? Abierto

vcf

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

samtools/hts-specs#848 · Abierto el 15/1/2026
samtools markdup memory usage on high-depth regions Abierto

samtools/samtools#2296 · 1 asignado · Abierto el 15/1/2026
how to index a read in a circular sequence? Abierto

sam

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

samtools/hts-specs#847 · 1 comentario · Abierto el 18/12/2025
Incorrect allele ("2") in... when trying to merge, merged files Abierto

requires-test-case

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

samtools/bcftools#2488 · 1 comentario · Abierto el 12/12/2025
norm -m + --atomize inconsistent representation of complex variants Abierto

D1: Difficult P2: Desirable

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

samtools/bcftools#2482 · 1 comentario · Abierto el 24/11/2025
A molecular-annotation-spec for SAM/BAM/CRAM with new reserved tags Abierto

sam sam-tags

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

samtools/hts-specs#846 · 4 comentarios · Abierto el 20/11/2025
Incorrect error message for out of order SAM file alignments Abierto

bam bug sam

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 45/100

samtools/htsjdk#1750 · Abierto el 17/11/2025
bcftools csq throw sanity_check_ref error and could not pass by --force Abierto

requires-test-case

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

samtools/bcftools#2478 · 3 comentarios · Abierto el 14/11/2025
documentation for `--pair-logic` is missing Abierto

Dificultad 1/5 Menos de una hora Aptitud para principiantes 55/100

samtools/bcftools#2472 · 1 comentario · Abierto el 28/10/2025

Mostrando los 100 más recientes

Esta página solo lista lo indexado más recientemente. El filtro avanzado tiene el inventario completo, acotado por lenguaje, dificultad y duración.

Abrir el filtro avanzado

samtools

Mostrando los 100 más recientes

Recibe los nuevos issues en tu correo