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samtools

7 repository indicizzati · Vedi su GitHub

samtools
Tools (written in C using htslib) for manipulating next-generation sequencing data

C · 1956 stelle
htslib
C library for high-throughput sequencing data formats

C · 950 stelle
bcftools
This is the official development repository for BCFtools. See installation instructions and other documentation here http://samtools.gith...

C · 891 stelle
hts-specs
Specifications of SAM/BAM and related high-throughput sequencing file formats

TeX · 713 stelle
htsjdk
A Java API for high-throughput sequencing data (HTS) formats.

Java · 303 stelle
htscodecs
Custom compression for CRAM and others.

C · 40 stelle
www.htslib.org
The http://www.htslib.org/ web site

HTML · 9 stelle

Adatte ai principianti Tutto

Aperta Tutte

[Bug]hts_getline() aborts on a bzip2-compressed input: hts_detect_format() classifies BZh-prefixed data as bzip2_compression, but the line reader only handles no_compression/gzip/bgzf and hits default: abort() (CWE-617) Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 74/100

samtools/htslib#2091 · Aperta il 15/9/2026
[Bug]Signed integer overflow in bcf_get_version() on the VCF header path: the version string ##fileformat=VCFv4.<huge> drives ver += tmp * 1000 past LONG_MAX (UBSan trap @ vcf.c:186, CWE-190) Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 76/100

samtools/htslib#2088 · 2 commenti · Aperta il 15/9/2026
Add option to remove @SQ references when filtering to a target region with samtools view Aperta

samtools/samtools#2383 · 1 commento · 1 assegnatario · Aperta il 15/9/2026
VCFv4.5/4.4 Specification Inaccuracy -- Genotype Fields [§1.6.2] Aperta

Difficoltà 1/5 Meno di un'ora Idoneità per principianti 88/100

samtools/hts-specs#871 · 1 commento · Aperta il 11/9/2026
VCFv4.5 Specification Typo -- Tandem Repeats [§5.7] Aperta

Difficoltà 1/5 1-3 ore Idoneità per principianti 92/100

samtools/hts-specs#870 · 1 commento · Aperta il 11/9/2026
VCFv4.5 Specification Inaccuracy -- Large Insertions (Circular) [§5.4.2] Aperta

Difficoltà 1/5 Meno di un'ora Idoneità per principianti 88/100

samtools/hts-specs#869 · Aperta il 11/9/2026
Samtools markdup --move-umi-to-tag Aperta

samtools/samtools#2380 · 2 commenti · 1 assegnatario · Aperta il 9/9/2026
stats: coverage distribution (COV, -t/-g target percentage) wraps around a fixed ring buffer for spliced alignments and drops counts on buffer reallocation Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 68/100

samtools/samtools#2378 · Aperta il 8/9/2026
Examples using Number=P and/or PSL/PSO/PSQ fields Aperta

vcf

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 72/100

samtools/hts-specs#868 · Aperta il 6/9/2026
Add option to `samtools markdup` to not consider strand orientation Aperta

samtools/samtools#2377 · 3 commenti · 1 reazione · 1 assegnatario · Aperta il 4/9/2026
mpileup + Varscan2 issue samtools 1.24 Aperta

samtools/samtools#2375 · 1 commento · 1 assegnatario · Aperta il 31/8/2026
samtools consensus uses so much memory it is unable to complete Aperta

samtools/samtools#2374 · 15 commenti · 1 assegnatario · Aperta il 28/8/2026
cram: Clarify whether tag ID lists are separated or terminated Aperta

cram

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 70/100

samtools/hts-specs#867 · Aperta il 25/8/2026
Allow http QUERY method in htsget Aperta

htsget

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 72/100

samtools/hts-specs#866 · Aperta il 25/8/2026
The meaning of an "optional field" VCF and a clash with ##contig Aperta

vcf

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 45/100

samtools/hts-specs#865 · 2 commenti · Aperta il 13/8/2026
Recommended practice "No alignments should be assigned mapping quality 255" is ambiguous Aperta

sam

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 55/100

samtools/hts-specs#864 · 2 commenti · Aperta il 11/8/2026
Fix or ignore "Tag Type in wrong order" Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 45/100

samtools/htsjdk#1796 · Aperta il 11/8/2026
EVENTTYPE can be different for records with the same EVENT Aperta

vcf

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100

samtools/hts-specs#863 · Aperta il 10/8/2026
[merge] fix primary alignment flag Aperta

samtools/samtools#2359 · 9 commenti · 1 assegnatario · Aperta il 5/8/2026
SamPairUtil.setMateInformationOnSupplementalAlignment copies TLEN from the mate primary instead of computing it Aperta

Difficoltà 2/5 Mezza giornata Idoneità per principianti 82/100

samtools/htsjdk#1795 · Aperta il 31/7/2026
Error in VCF test files Aperta

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 55/100

samtools/hts-specs#860 · Aperta il 25/7/2026
Samtools checksum changes output between 1.23.1 and 1.24 Aperta

samtools/samtools#2354 · 6 commenti · 1 assegnatario · Aperta il 24/7/2026
No const qualifiers using htscodecs API. Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

samtools/htscodecs#151 · 3 commenti · Aperta il 6/7/2026
Issue in gff2gff.py script - does not generate the output file Aperta

needs-feedback

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 55/100

samtools/bcftools#2572 · 1 commento · Aperta il 25/6/2026
rlen calculation in bcf/vcf Aperta

vcf

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 45/100

samtools/hts-specs#857 · Aperta il 29/5/2026
CI testing for signed-off-by commits Aperta

samtools/htslib#2014 · 1 assegnatario · Aperta il 20/5/2026
Add optional progress output for long-running subcommands (mpileup, view, norm, index) Aperta

enhancement

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 45/100

samtools/bcftools#2559 · 3 commenti · Aperta il 16/5/2026
Feature request : bcftools annotate and discordant chromosome notation Aperta

htslib-dependent P2: Desirable

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 48/100

samtools/bcftools#2549 · 1 commento · Aperta il 7/5/2026
Feature request: use pedigree information for SNP calling Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 30/100

samtools/bcftools#2546 · 2 commenti · Aperta il 28/4/2026
bcftools merge fills missing fields with "^@" instead of "." Aperta

needs-feedback requires-test-case

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 55/100

samtools/bcftools#2539 · 2 commenti · 1 reazione · Aperta il 2/4/2026
ITF-8/LTF-8 spec text has typos, an incorrect prefix description, and lacks examples Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 65/100

samtools/hts-specs#855 · 4 commenti · Aperta il 31/3/2026
Diff / patch like program for efficient storage of raw + processed data Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

samtools/samtools#2318 · 2 reazioni · Aperta il 26/3/2026
split-vep only prints first numerical value Aperta

requires-test-case

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 52/100

samtools/bcftools#2516 · 5 commenti · Aperta il 23/3/2026
MIN_DP should be updated from DP not just other MIN_DP records. Production of a MIN_DP record when none are input. Aperta

requires-test-case

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 48/100

samtools/bcftools#2515 · 2 commenti · Aperta il 22/3/2026
HTSJDK QUAL floating-point precision error from log10PError round-trip Aperta

bcf bug vcf

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 45/100

samtools/htsjdk#1757 · Aperta il 20/3/2026
bcftools mpileup for a set of Illumina+HiFi reads Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 20/100

samtools/bcftools#2511 · 4 commenti · Aperta il 12/3/2026
feature request: polyploid variant calling Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

samtools/bcftools#2508 · 11 reazioni · Aperta il 2/3/2026
bcftools annotate doesn't liftover fields from VCF with symbolic alleles if END in only one file. Aperta

requires-test-case

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 48/100

samtools/bcftools#2507 · 1 commento · Aperta il 2/3/2026
Suggestion: populate INFO name in warning "INFO tag id=146" Aperta

samtools/htslib#1996 · 4 commenti · 1 assegnatario · Aperta il 20/2/2026
cannot specify single read for casava fastq import Aperta

samtools/samtools#2307 · 1 commento · 1 assegnatario · Aperta il 14/2/2026
Missing value for SVCLAIM in DEL/DUP in VCFv4.4: clarification and addition Aperta

vcf

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 30/100

samtools/hts-specs#849 · 1 commento · Aperta il 19/1/2026
Is the set of `##ALT` top-level types in IDs *really* restricted to the 5 provided? Aperta

vcf

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

samtools/hts-specs#848 · Aperta il 15/1/2026
samtools markdup memory usage on high-depth regions Aperta

samtools/samtools#2296 · 1 assegnatario · Aperta il 15/1/2026
how to index a read in a circular sequence? Aperta

sam

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

samtools/hts-specs#847 · 1 commento · Aperta il 18/12/2025
Incorrect allele ("2") in... when trying to merge, merged files Aperta

requires-test-case

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

samtools/bcftools#2488 · 1 commento · Aperta il 12/12/2025
norm -m + --atomize inconsistent representation of complex variants Aperta

D1: Difficult P2: Desirable

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

samtools/bcftools#2482 · 1 commento · Aperta il 24/11/2025
A molecular-annotation-spec for SAM/BAM/CRAM with new reserved tags Aperta

sam sam-tags

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

samtools/hts-specs#846 · 4 commenti · Aperta il 20/11/2025
Incorrect error message for out of order SAM file alignments Aperta

bam bug sam

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 45/100

samtools/htsjdk#1750 · Aperta il 17/11/2025
bcftools csq throw sanity_check_ref error and could not pass by --force Aperta

requires-test-case

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

samtools/bcftools#2478 · 3 commenti · Aperta il 14/11/2025
documentation for `--pair-logic` is missing Aperta

Difficoltà 1/5 Meno di un'ora Idoneità per principianti 55/100

samtools/bcftools#2472 · 1 commento · Aperta il 28/10/2025

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