samtools/bcftools

Ver en GitHub

This is the official development repository for BCFtools. See installation instructions and other documentation here http://samtools.github.io/bcftools/howtos/install.html

Estrellas: 891
Forks: 277
Issues abiertos para principiantes: 0
Issues indexados: 331
Merge medio: 2 d 23 h
PR fusionados (30 d): 2

Lenguaje dominante: C
Licencia: Sin datos de licencia
Último push a GitHub: 10/9/2026
Última indexación: 20/9/2026
Guía de contribución: Guía de contribución
Código de conducta: Sin código de conducta
Etiquetas para principiantes: Sin etiquetas para principiantes indexadas

Para principiantes Todo

Abierto Todos

331 issues abiertos indexados

Issue in gff2gff.py script - does not generate the output file Abierto

needs-feedback

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 55/100

samtools/bcftools#2572 · 1 comentario · Abierto el 25/6/2026
Add optional progress output for long-running subcommands (mpileup, view, norm, index) Abierto

enhancement

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 45/100

samtools/bcftools#2559 · 3 comentarios · Abierto el 16/5/2026
Feature request : bcftools annotate and discordant chromosome notation Abierto

htslib-dependent P2: Desirable

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 48/100

samtools/bcftools#2549 · 1 comentario · Abierto el 7/5/2026
Feature request: use pedigree information for SNP calling Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 30/100

samtools/bcftools#2546 · 2 comentarios · Abierto el 28/4/2026
bcftools merge fills missing fields with "^@" instead of "." Abierto

needs-feedback requires-test-case

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 55/100

samtools/bcftools#2539 · 2 comentarios · 1 reacción · Abierto el 2/4/2026
split-vep only prints first numerical value Abierto

requires-test-case

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 52/100

samtools/bcftools#2516 · 5 comentarios · Abierto el 23/3/2026
MIN_DP should be updated from DP not just other MIN_DP records. Production of a MIN_DP record when none are input. Abierto

requires-test-case

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 48/100

samtools/bcftools#2515 · 2 comentarios · Abierto el 22/3/2026
bcftools mpileup for a set of Illumina+HiFi reads Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 20/100

samtools/bcftools#2511 · 4 comentarios · Abierto el 12/3/2026
feature request: polyploid variant calling Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

samtools/bcftools#2508 · 11 reacciones · Abierto el 2/3/2026
bcftools annotate doesn't liftover fields from VCF with symbolic alleles if END in only one file. Abierto

requires-test-case

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 48/100

samtools/bcftools#2507 · 1 comentario · Abierto el 2/3/2026
Incorrect allele ("2") in... when trying to merge, merged files Abierto

requires-test-case

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

samtools/bcftools#2488 · 1 comentario · Abierto el 12/12/2025
norm -m + --atomize inconsistent representation of complex variants Abierto

D1: Difficult P2: Desirable

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

samtools/bcftools#2482 · 1 comentario · Abierto el 24/11/2025
bcftools csq throw sanity_check_ref error and could not pass by --force Abierto

requires-test-case

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

samtools/bcftools#2478 · 3 comentarios · Abierto el 14/11/2025
documentation for `--pair-logic` is missing Abierto

Dificultad 1/5 Menos de una hora Aptitud para principiantes 55/100

samtools/bcftools#2472 · 1 comentario · Abierto el 28/10/2025
Feature Request: +setGT plugin ability to set GT in a subset of samples in the VCF file Abierto

documentation enhancement

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

samtools/bcftools#2467 · 5 comentarios · Abierto el 13/10/2025
[FEATURE REQUEST] Window limits for removing duplicates/normalizing Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

samtools/bcftools#2461 · 1 comentario · Abierto el 30/9/2025
bcftools norm -m+snps not merging adjacents snps Abierto

D1: Difficult enhancement

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 38/100

samtools/bcftools#2460 · 3 comentarios · Abierto el 30/9/2025
--include "FIELD=@file" fails silently even when single-value filter works Abierto

enhancement

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

samtools/bcftools#2459 · 1 comentario · Abierto el 25/9/2025
bcftools 1.20 view command seems use all available CPUs despite the --threads 1 argument Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

samtools/bcftools#2455 · 6 comentarios · Abierto el 9/9/2025
bcftools +prune behavior question: --AF-tag AF must be set for -N maxAF to work? Abierto

requires-test-case

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

samtools/bcftools#2449 · 1 comentario · Abierto el 13/8/2025
Calculating variables from samples matching filtering expressions Abierto

documentation

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

samtools/bcftools#2444 · 1 comentario · Abierto el 6/8/2025
SVLEN tag interfering with the comparison between FASTA and VCF REF by bcftools consensus Abierto

htslib-dependent

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

samtools/bcftools#2439 · 1 comentario · Abierto el 23/7/2025
feature request: inverse of --atomize (bcftools norm -m +any does not join two overlapping variants) Abierto

D1: Difficult enhancement

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

samtools/bcftools#2438 · 1 comentario · Abierto el 21/7/2025
Building sequences using ref+clinvar but there are no variant applied (no errors given) Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

samtools/bcftools#2433 · 3 comentarios · Abierto el 9/7/2025
bcftools view changes GT format field value when it is declared as Type=Integer Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

samtools/bcftools#2431 · 1 comentario · Abierto el 3/7/2025
bcftools view to subset VCF by region file in BED format gives only header without warning or error Abierto

requires-test-case

Dificultad 1/5 Menos de una hora Aptitud para principiantes 25/100

samtools/bcftools#2421 · 1 comentario · Abierto el 19/6/2025
Question about id mode and the flipping action Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 30/100

samtools/bcftools#2403 · 1 comentario · Abierto el 8/5/2025
could not parse the input VCF Abierto

requires-test-case

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 25/100

samtools/bcftools#2397 · 8 comentarios · Abierto el 29/4/2025
Print a warning if -r/R/-t/-T sequences use different chr naming convention than the VCF header Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

samtools/bcftools#2396 · Abierto el 20/4/2025
bcftools norm convert non-ATGCN IUPAC to N however mpileup and call does not. Abierto

requires-test-case

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

samtools/bcftools#2393 · 4 comentarios · Abierto el 15/4/2025
norm normalizing reference ALT is not counted in stats or old-rec-tag Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 48/100

samtools/bcftools#2391 · Abierto el 10/4/2025
concordance with indels issue Abierto

needs-feedback

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

samtools/bcftools#2388 · 1 comentario · Abierto el 27/3/2025
mendelian2 plugin Abierto

requires-test-case

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 38/100

samtools/bcftools#2379 · 1 comentario · Abierto el 11/3/2025
"-nan" GP and genotype coding in males Abierto

requires-test-case

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

samtools/bcftools#2377 · 6 comentarios · Abierto el 7/3/2025
How to compute DS (diploid dosage) from HDS (haploid dosage) in VCF? Abierto

needs-feedback

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 25/100

samtools/bcftools#2376 · 1 comentario · Abierto el 5/3/2025
Using COUNT with bcftools filter across all samples Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

samtools/bcftools#2363 · 2 comentarios · Abierto el 1/2/2025
bcftools 1.21 merge gvcfs results in more than one variant at the same location for complex polyallelic MNP variants, continuation of #2333 Abierto

bug enhancement

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

samtools/bcftools#2356 · 4 comentarios · Abierto el 21/1/2025
The genotypes do not reflect the allele coverage frequency Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

samtools/bcftools#2352 · Abierto el 9/1/2025
Problems defining ploidy with bcftools call Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 25/100

samtools/bcftools#2351 · 1 comentario · Abierto el 7/1/2025
consensus `--missing` not compatible with gvcf blocks Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

samtools/bcftools#2350 · 4 comentarios · Abierto el 7/1/2025
2 lines of InDel in the same position ? Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

samtools/bcftools#2347 · 2 comentarios · Abierto el 24/12/2024
feature request: duplicate merging and selecting Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

samtools/bcftools#2342 · 1 comentario · Abierto el 18/12/2024
Merge speed has not been increased by '--threads' option ? Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 30/100

samtools/bcftools#2340 · 2 comentarios · Abierto el 17/12/2024
strange handling of SVs by bcftools norm --fasta-ref Abierto

requires-test-case

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

samtools/bcftools#2330 · 3 comentarios · Abierto el 6/12/2024
Different parameters on different chromosomes Abierto

needs-feedback

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 35/100

samtools/bcftools#2327 · 1 comentario · Abierto el 1/12/2024
[Feature Request] Cannot sort using custom contig order Abierto

enhancement

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

samtools/bcftools#2324 · 2 comentarios · 2 reacciones · Abierto el 26/11/2024
Filter a gene list including intergenic regions Abierto

needs-feedback

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

samtools/bcftools#2319 · 3 comentarios · Abierto el 12/11/2024
Consensus of ALTs only without genotypes in file Abierto

enhancement

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 40/100

samtools/bcftools#2315 · 2 comentarios · Abierto el 9/11/2024
seg fault for reheader -o Abierto

requires-test-case

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 64/100

samtools/bcftools#2311 · 4 comentarios · Abierto el 30/10/2024
Error "Failed to read from standard input: unknown file type" with Gzipped BAM Files Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

samtools/bcftools#2293 · 1 comentario · Abierto el 27/9/2024

samtools/bcftools

Recibe los nuevos issues en tu correo