Improve error handling in Problem.from_yaml - parameter_file

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Evaluación

Dificultad
2/5
Tiempo estimado
1-3 horas
Aptitud para principiantes
48/100
Tipo de issue
Error
Claridad
Bastante claro
Estado de actividad
Estancado
Stack tecnológico
python
Área
backend

Línea de trabajo

Read Problem.from_yaml in petab/problem.py at the parameter_file and sbml_files accesses. Check the surrounding YAML parsing behavior, then exercise inputs missing each key and verify they produce clear errors rather than raw KeyError exceptions.

Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.

Descripción

Missing parameter_file in the yaml file should provide a proper error message instead of just a KeyError:

File petab/problem.py:259, in Problem.from_yaml(yaml_config)
    255     warn("Support for PEtab2.0 is experimental!")
    257 problem0 = yaml_config['problems'][0]
--> 259 if isinstance(yaml_config[PARAMETER_FILE], list):
    260     parameter_df = parameters.get_parameter_df([
    261         get_path(f)
    262         for f in yaml_config[PARAMETER_FILE]
    263     ])
    264 else:

KeyError: 'parameter_file'

Also applies to sbml_files in --> 270 if len(problem0[SBML_FILES]) > 1:

Lenguaje dominante
Python
Estrellas
18
Forks
9
Sin PR fusionados en 30 d

Guía de contribución

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Primeros pasos

  1. Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
  2. Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
  3. Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
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