mimic3wdb-matched RECORDS file hast too many entries

Offen

#466 erstellt am 22.9.2023 1 Kommentar 0 Reaktionen 0 zugewiesene Personen Auf GitHub ansehen

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Bewertung

Schwierigkeit: 4/5
Geschätzter Aufwand: 3-5 Tage
Anfängerfreundlichkeit: 35/100

Issue-Typ: Bug
Klarheit: Größtenteils klar
Aktivitätsstatus: Veraltet
Tech-Stack: python
Bereich: backend, data

Rechercherichtung

Beginne mit wfdb.io.dl_database und vergleiche die verknüpfte mimic3wdb-matched RECORDS-Datei mit den Inhalten der Datenbank, einschließlich der fehlenden 3783537_10000.hea-URL. Bestätige, wie die zusätzlichen Einträge Download-Fehler verursachen, und überprüfe anschließend, dass beim Herunterladen der Datenbank keine nicht vorhandenen Datensätze mehr angefordert werden; die vorgeschlagene Änderung für Multithreading ist eine separate, umfassendere Frage.

Vom Indexierungsmodell aus dem Issue-Text verfasst.

Beschreibung

We are trying to download the mimic3wdb-matched database via wfdb.io.dl_database like so:

wfdb.io.dl_database("mimic3wdb-matched", "mimic3wdb-matched", records='all', annotators='all', keep_subdirs=True, overwrite=False)

After a long wait, we get an error indicating a missing file:
wfdb.io._url.NetFileNotFoundError: 404 Error: Not Found for url: https://physionet.org/files/mimic3wdb-matched/1.0/p01/p017488/3783537_10000.hea

While investigating we found that the corresponding RECORDS file contains more records than there are in the database:
https://physionet.org/files/mimic3wdb-matched/1.0/p01/p017488/RECORDS

RECORDS file:

Actual content:

wfdb.io.dl_database generates unique urls using this RECORDS file which then leads to the mentioned error above.

Some questions:

Can someone adapt the RECORDS file to reflect the database content
The download via wfdb.io.dl_database is excruciating slow. Would it make sens to rewrite wfdb.io.dl_database to use multi-threading? Or what approach do you use to dump the whole database efficiently?

Vorherrschende Sprache: Jupyter Notebook
Sterne: 853
Forks: 322
PR-Merge-Kennzahlen: Keine gemergten PRs in 30 T.

Beitragsleitfaden

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Erste Schritte

Lesen Sie das ganze Issue und danach den Beitragsleitfaden des Projekts.
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