daisybio / daisybio/preprocess_drp_data

Caution with BeatAML2

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Lenguaje dominante
Jupyter Notebook
Estrellas
3
Forks
1
Métricas de merge de PR
Sin PR fusionados en 30 d

Descripción

In the raw data, there is the column `normalized_viability`, which we treat as the response column. It ranges from 0 to 7703 (an outlier; the next value is 3743). In the original publication, the authors state the normalized viability is normalized to lie between 0 and 100. This is clearly not the case. However, there is also neither a positive nor a negative control, nor a raw response column, so there is really nothing we can do but normalize these values to lie between 0 and 1 with CurveCator.

Guía de contribución

No hay ninguna guía de contribución indexada para este repositorio

Línea de trabajo

Comienza revisando los datos sin procesar de BeatAML2 y la columna `normalized_viability` descrita en el issue. Comprueba la afirmación sobre la normalización de la publicación original y cómo CurveCator gestiona actualmente estos valores. Se considera terminado cuando la decisión de preprocesamiento está documentada o corregida, de modo que los valores de respuesta se normalicen de forma coherente a pesar de la ausencia de controles y de la columna de respuesta sin procesar.

Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.

Evaluación

Stack tecnológico
jupyter-notebook
Área
data
Tipo de issue
Error
Dificultad
4/5
Tiempo estimado
3-5 días
Estado de actividad
Estancado
Claridad
Bastante claro
Aptitud para principiantes
42/100

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