daisybio / daisybio/preprocess_drp_data
Caution with BeatAML2
- Lenguaje dominante
- Jupyter Notebook
- Estrellas
- 3
- Forks
- 1
- Métricas de merge de PR
- Sin PR fusionados en 30 d
Descripción
In the raw data, there is the column `normalized_viability`, which we treat as the response column. It ranges from 0 to 7703 (an outlier; the next value is 3743). In the original publication, the authors state the normalized viability is normalized to lie between 0 and 100. This is clearly not the case. However, there is also neither a positive nor a negative control, nor a raw response column, so there is really nothing we can do but normalize these values to lie between 0 and 1 with CurveCator.
Guía de contribución
No hay ninguna guía de contribución indexada para este repositorio
Línea de trabajo
Comienza revisando los datos sin procesar de BeatAML2 y la columna `normalized_viability` descrita en el issue. Comprueba la afirmación sobre la normalización de la publicación original y cómo CurveCator gestiona actualmente estos valores. Se considera terminado cuando la decisión de preprocesamiento está documentada o corregida, de modo que los valores de respuesta se normalicen de forma coherente a pesar de la ausencia de controles y de la columna de respuesta sin procesar.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Evaluación
- Stack tecnológico
- jupyter-notebook
- Área
- data
- Tipo de issue
- Error
- Dificultad
- 4/5
- Tiempo estimado
- 3-5 días
- Estado de actividad
- Estancado
- Claridad
- Bastante claro
- Aptitud para principiantes
- 42/100