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drevalpy
DrEval is a toolkit that ensures drug response prediction evaluations are statistically sound, biologically meaningful, and reproducible.
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data-leakage-ppi-prediction
Code associated with the paper 'Cracking the blackbox of deep sequence-based protein-protein interaction prediction'
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NEASE
A network-based approach for exon set enrichment
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SPONGE
Sparse Partial correlation ON Gene Expression - an R package for fast and robust ceRNA network inference
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TF-Prioritizer
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DIGGER
Exploring Isoform-specific interactions
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epigen
EpiGEN: an epistasis simulation pipeline
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ASimulatoR
ASimulatoR: splice-aware RNA-seq data simulation https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btab142
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PPI_prediction_study
Code associated with the paper 'Deep learning models for unbiased sequence-based PPI prediction plateau at an accuracy of 0.65'
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R Package for preprocessing, normalizing, and analyzing proteomics data
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preprocess_drp_data
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PRONE.Shiny
Code of the R Shiny App of the PRONE R Package.
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mirtargetbenchmark
R package to benchmark sequence based target prediction tools
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Use foreach instead of mclapply Abiertoenhancement
daisybio/ASimulatoR#1 · 0 comentarios · 0 reacciones · 0 asignados ·
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good first issue
daisybio/ASimulatoR#4 · 5 comentarios · 0 reacciones · 0 asignados ·
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daisybio/ASimulatoR#9 · 1 comentario · 0 reacciones · 0 asignados ·
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daisybio/mirtargetbenchmark#1 · 0 comentarios · 0 reacciones · 1 asignado ·
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Some tool links are wrong Abierto
daisybio/website#1 · 1 comentario · 0 reacciones · 0 asignados ·
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daisybio/epigen#3 · 0 comentarios · 0 reacciones · 0 asignados ·
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Integrate with GeneTonic Abiertoenhancement
daisybio/keypathwayminer-R#3 · 0 comentarios · 0 reacciones · 0 asignados ·
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daisybio/housekeepr#1 · 0 comentarios · 0 reacciones · 0 asignados ·
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NDEx support Abiertoenhancement
daisybio/keypathwayminer-web#1 · 0 comentarios · 0 reacciones · 1 asignado ·
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Slow network visualization Abiertobug
daisybio/keypathwayminer-web#3 · 0 comentarios · 0 reacciones · 1 asignado ·
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Improve CGI script security Abiertosecurity
daisybio/keypathwayminer-web#4 · 5 comentarios · 0 reacciones · 1 asignado ·
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bug
daisybio/keypathwayminer-web#6 · 0 comentarios · 0 reacciones · 1 asignado ·
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daisybio/keypathwayminer-web#8 · 0 comentarios · 0 reacciones · 1 asignado ·
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daisybio/keypathwayminer-web#9 · 0 comentarios · 0 reacciones · 0 asignados ·
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daisybio/keypathwayminer-web#10 · 0 comentarios · 0 reacciones · 0 asignados ·
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Too many pathways returned Abierto
daisybio/keypathwayminer-web#11 · 0 comentarios · 0 reacciones · 0 asignados ·
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Gene/protein ID mapping warning Abierto
daisybio/keypathwayminer-web#12 · 0 comentarios · 0 reacciones · 0 asignados ·
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Update the gold standard data? Abiertoenhancement
daisybio/data-leakage-ppi-prediction#6 · 0 comentarios · 0 reacciones · 0 asignados ·
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daisybio/data-leakage-ppi-prediction#8 · 1 comentario · 0 reacciones · 0 asignados ·
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Finish data preparation Abiertoenhancement
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daisybio/TF-Prioritizer#64 · 2 comentarios · 0 reacciones · 1 asignado ·
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enhancement question
daisybio/TF-Prioritizer#65 · 3 comentarios · 0 reacciones · 1 asignado ·
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Add DIMMER for methylation Abiertoenhancement
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discussion
daisybio/TF-Prioritizer#67 · 6 comentarios · 0 reacciones · 0 asignados ·
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daisybio/TF-Prioritizer#69 · 0 comentarios · 1 reacción · 1 asignado ·
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daisybio/HiTSeekR#6 · 0 comentarios · 0 reacciones · 0 asignados ·
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daisybio/HiTSeekR#7 · 0 comentarios · 0 reacciones · 0 asignados ·
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add new normalization methods Abiertoenhancement
daisybio/HiTSeekR#8 · 1 comentario · 0 reacciones · 0 asignados ·
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Add support for BigBed files Abierto
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Add support for TDF files Abierto
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Shiny App Autolaunch for Windows Abiertoenhancement
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Singularity & Apptainer support Abierto
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Docker container for arm64 Abiertoenhancement
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Generalized linear model Abiertoenhancement
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Circadian Analysis Abiertoenhancement
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Upload picrust2 results directly Abiertoenhancement
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Downloadable logfile Abiertodocumentation
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